رفعت لجنة حماية الحرية الشخصية المشكلة وفقا لأحكام القرار الجمهوري رقم 5 لسنة 2012 برئاسة المستشار أمين المهدي تقريرها النهائي إلى رئيس الجمهورية متضمنا توصياتها وملاحظاتها الختامية بشان المهمة المنوطة بها بالنظر في حالة كل من المعتقلين والمدنيين المحاكمين عسكريا والثوار المحكوم عليهم من القضاء المدني في الفترة من 25 يناير 2011 وحتى 30 يونيو 2012. وأشارت اللجنة -في بيان لها اليوم- أن التقرير النهائي جاء استعراضا للإجراءات التي اتخذتها اللجنة ، والمعايير التي إتبعتها في إقتراح العفو عن المدنيين المحكوم عليهم من القضاء العسكري والذي صدر بتوصياتها قرارين جمهوريين هما القرار رقم 57 ، 122 لسنة 2012 وهي سابقة العفو في المرحلة الانتقالية عن جرائم لا تضر آحاد الناس، وإنعدام الخطورة الاجرامية وموافقة جهات الأمن على ذلك. وأضافت اللجنة أنه وفقا للمستندات الواردة إلى اللجنة من القضاء العسكري ومن مصلحة الأمن العام فقد بقي لدى اللجنة حالات مدنيين صدرت ضدهم أحكام عن المحاكم العسكرية، وهم 36 ارتكبوا جرائم قتل أوشروع فيه، 24 ارتكبوا جرائم خطف أو اغتصاب أو هتك عرض، 67 ارتكبوا جريمة سرقة مال عام،106 ارتكبوا جريمة استعمال قوة مع حمل سلاح ناري،301 ارتكبوا جريمة استعمال قوة مع حمل سلاح أبيض، 398 ارتكبوا جريمة سرقة مصحوبة بظرف مشدد،169 ارتكبوا جرائم مماثلة لتلك التي سبق العفو عنها، لكن مصلحة الأمن العام رأت أن الإفراج عنهم يمثل خطرا على أمن المجتمع، نظرا لخطورتهم الإجرامية. كما أن اللجنة لم تقترح العفو عن هؤلاء لأن الجرائم التي إتكبوها لا يمكن منطقيا تصور أنها إرتكبت بسبب الثورة أو سعيا لتغيير النظام السياسي السابق، وأن أمن المجتمع يجب أن يصان فلم تقترح اللجنة العفو عن شخص تفيد الدلائل على أن الإفراج عنه يهدد أمن المجتمع أو تقترح إعادة محاكمته لأسباب فصلتها في التقرير المرفوع لرئاسة الجمهورية. وأوضحت اللجنة أن التقرير النهائي تضمن التأكيد على عدم وجود معتقلين لدى وزارة الداخلية والسجون العسكرية وذلك بحسب الافادات الرسمية الواردة اليها، فضلا عن عدم وجود شكاوى واردة بوجود معتقلين بالمعني الفني للكلمة، مع التأكيد على التفرقة بين المعتقل والمحبوس احتياطيا على ذمة قضية والخاضع لتنفيذ عقوبة جنائية نفاذا لحكم نهائي. وفي خصوص الثوار الصادر ضدهم أحكام من القضاء العادي أو الذي لايزالون قيد المحاكمات أمام هذا القضاء، فقد استعرضت اللجنة نص المادة 76 من قانون العقوبات والتي تنص على ان "العفو الشامل يمنع أو يوقف السير في إجراءات الدعوى أو يمحو حكم الإدانة ولا يمس حقوق الغير إلا إذا نص القانون الصادر بالعفو على خلاف ذلك". وأعربت اللجنة أنه تبين أثناء عملها وجود مسجونين صدر ضدهم أحكام عن محاكم أمن الدولة طوارئ، لارتكابهم جرائم مماثلة لتلك التي سبق العفو عنها، ولم يتم التصديق على هذه الأحكام حتى الآن، ولذلك تري اللجنة ضرورة سرعة النظر في حالات هؤلاء وذلك بمناسبة التصديق على الأحكام، وتدعو اللجنة رئيس الجمهورية لاستعمال صلاحياته المقررة في قانون الطوارئ وإصدار أمر بالغاء الحكم وحفظ الدعوى والإفراج عنهم. كما وجهت اللجنة الشكر لجميع جهات الدولة التي قدمت لها المساعدة، من مجلس الدولة والمجلس القومي لحقوق الانسان ووزارة التنمية الادارية.