تسبب الحد الأقصي للأجور، المخول الي الجهاز المركزي للمحاسبات الإشراف على تطبيقة، على العاملين علي الجهاز الحكومى، بقرار من رئيس الجمهورية الرئيس عبد الفتاح السيسي، في تصاعد الأزمات بين الجهاز والمؤسسات القضائية. وقبل نفي المستشار هشام جنينه، رئيس الجهاز، مانسب اليه بشأن رفض 5 هيئات قضائية وهي "قضايا الدولة، ومجلس الدولة، ومحكمتا النقض والاستئناف، والنيابة العامة" إمداد الجهاز بمعلومات عن رواتب القضاة ، أعضاء كل هيئة، لمعرفة تجاوزها الحد الأقصي للأجور من عدمه، أبدت بعض الهيئات القضائية منها هئيئة قضايا الدولة ومحكمة النقض، إعتراضهما على ماذكره جنينه، مؤكدين أن الجهاز لم يرسل خطابات لهم بشأن إمدادة بمعلومات عن رواتب القضاة. وكانت الأزمة بين المركزي للمحاسبات والهيئات القضائية قد بدأت بعد رفض القضاة تطبيق الحد الأقصى للأجور، والسماح للجهاز بالرقابة على القضاء وميزانيته، حيث كلفت مؤسسة الرئاسة الجهاز بإعداد تقرير بشأن تطبيق الحد الأقصى والأدنى للأجور بمختلف المؤسسات والهيئات والوزارات التابعة للدولة. وأشار التقرير الذي أعده الجهاز المركزي للمحاسبات إمتثالاً لقرار الرئيس عبد الفتاح السيسي، الي أن هناك عدة جهات أعلنت عدم التزامها بتطبيق الحد الأقصى للأجور، ورفضت تقديم البيانات للجهاز المركزى للمحاسبات، كالنيابة العامة ومحكمة استئناف القاهرة، وهيئة قضايا الدولة، ومجلس الدولة وعدد من البنوك الكبرى بالدولة. حيث لوحت بعض الجهات القضائية بالتصعيد ضد رئيس الجهاز المستشار هشام جنينة، لرؤيتها أن تصريحاتة الأخيرة، الهدف منها هو تشوية قضاتها، وطالبته بإعلام الرأي العام بمرتبة ومن الرقيب عليه. وكان مصدر قضائى قال، إن طلب الجهاز المركزي للمحاسبات معلومات من الهيئات القضائية، بشأن مرتبات القضاة من المقرر أن يكون آخر السنة المالية فقط، ولا يجوز أن يأتي ذلك الطلب في أي وقت، مطالبا الجهاز في التوجة الي مراقبة المؤسسات الأخري وإعلان الرأي العام بما تم التوصل اليه، بدلًا من الحديث عن رفض الهيئات القضائية الخضوع للمراقبة، وتحريض الرأى العام ضد ضدها، وهى الأجدر بتطبيق القانون. من جانبة كان المستشار أحمد عبد الصادق أمين عام هيئة قضايا الدولة، قد كشف فى تصريحات صحفية إن الهيئة لم تمتنع عن الإدلاء ببيانات خاصة بالحد الأقصى للأجور، مشيراً إلى أن الهيئة طبقت هذا الحد بالفعل وأنشأت وحدة إدارية بالوحدات الحسابية بها لحساب الحد الأقصى منذ أكثر من عام لحساب الحد الأقصى للأجور وأن الهيئة سبق وأن أعطت كافة البيانات الرسمية لمندوبى الجهاز المركزى للمحاسبات منذ شهرين، موضحاً بها الحدين الأقصى والأدنى لكل دخل. وكانت محكمة النقض قد رفضت التعليق علي تصريحات جنينة، وأكدت في بيان لها، عدم صحة ما أثير بشأن مسألة الحد الأقصي لأجور قضاتها. ومن ناحيته نفى المستشار أحمد عبد الصادق، أمين عام هيئة قضايا الدولة، ما تردد على لسان المستشار هشام جنينة من امتناع هيئة قضايا الدولة عن إعطاء بيانات خاصة بالحد الأدنى للأجور، مؤكداً أن الهيئة أول من طبقت الحد الأقصى، وأنشأت وحدة إدارية بالوحدات الحسابية بها لحساب الحد الأقصى منذ أكثر من عام لحساب الحد الأقصى للأجور وتبين بعد عام من إنشاء الوحدة أن جميع أعضاء الهيئة لا يصل دخولهم إلى نصف الحد الأقصى المقرر . في سياق متصل أوضح مصدر بالجهاز المركزي للمحاسبات أن مؤسسات الرئاسة ومجلس الوزراء ووزاة الداخلية، ووزارة الدفاع، أمدوا الجهاز الرمكزي ببيانات عن أجور العاملين بها، وأكدوا أن الأجور لا تتعدي الحد الأقصي المحدد ب42 ألف جنية، وأنهم ملتزمون بتطبيقة حال وجد من يتقاضي أكثر من ذلك. كما أشار المصدر الي أن تطبيق الأقصي للأجور سيكون على جميع العاملين بالجهاز الحكومى للدولة دون محاباة أحد ومن يخالف ذلك سيتم عزلة من وظيفتة ورد الأموال التي تقاضاها مخالفة للحد الأقصي لأنه بذلك يكون قد تقاضي أموالا بغير وجه حق.