حتى وقتنا هذا يظل الحديث عن الأسباب الحقيقية للنكسة يشغل كل المصريون ،هل السبب هو أستفزاز عبد الناصر بتصريحاتة عندما كان يقول أنه يستطيع أن يغرق اسرائيل في البحر؟ أم أن سبب أخر يتجسد في العلاقة الحميمية بين عبد الناصر والمشير؟، ولكن الإخوان المسلمن أرجعوا نكسة يونيه 67، إلى القهر والظلم الذى مارسه عبد الناصر ضد الإخوان، وذلك عندما أكد الدكتور" محمد بديع" المرشد العام لجماعة الإخوان المسلمين أكثر من مرة فى تصريحاتة" بإن الإخوان عندما تم أعتقالهم داخل السجون والمعتقلات وتعرضهم للتعذيب والتنكيل فى 65، كان الله للظالم بالمرصاد فعقب أعتقال الإخوان كانت الهزيمة الساحقة في نكسة يونيو67، وهو ما يدفعنا للسؤال هل سبب نكسة يونيه كانت بسبب الظلم والقهر للإخوان المسلمين أم هناك أسباب أخرى. قال د. محمد مهدى عاكف، المرشد السابق للإخوان المسلمين، فى الوقت الذي كان يقف "جمال عبد الناصر"خطيباً مردداً شعارات الوطنية والقومية والحرية ،في الوقت نفسه يتم تعذيب أكثر من 17 الف من الإخوان المسلمين فى المعتقلات والسجون، وقتلهم، مستشهدا ً بالقرآن الكريم قال الله تعالى (إن الله ينصر الدولة العادلة وإن كانت كافرة ويهزم الدولة الظالمة ). وأضاف د. جمال حشمت قيادى فى جماعة اٌلإخوان المسلمين، كلنا نعلم أن سبب تلك النكسة ليس فقط لأنهم كانوا في السجون والمعتقلات ويتم قتلهم وتشريد اولادهم وتعذيب نسائهم أكثر من الرجال، فحسب بل لأنهم كانوا يعاملون مثل الحيوانات برغم أنهم حكماء وعلماء وتم أعتقالهم مايقارب عشرة أعوام من غير محاكم . وأكد د. صبحى صالح قيادى من الاخوان، على أن ما أصاب الإخوان المسلمين من التعذيب البشع، وما قام به جمال عبد الناصر بالإخوان المسلمين فى بيوتهم وفى سجونه لا يمكن أن يصدقه عقل، فهو أعتقل 17 الف أخوانى ومنهم ماتم قتلة بالرصاص والشنق ،وليس الأخوان فقط فقام بالقبض على الشيوعين واللبيرالين ،وتعذيب النساء وتشريد الاطفال،فقام الله بمحاسبتة بالنكسة وجاء السادات وانتصر. يقول "محمد حبيب "نائب المرشد العام للإخوان المسلمين:السبب الحقيقى لنكسة 67 : تخلينا عن حقيقة الدين، أى الإسلام الحق الذي يعد الأمة للجهاد، لقد قام "جمال عبد الناصر"بتخلينا عن الإسلام وبالتالى ادى إلى نكسة، حين دخلنا الحرب دون أن نتسلح بالإيمان، دولة تحارب ديننا. وقال محمد سعيد باحث سياسى فى الاهرام، لا جدال فان الرئيس "جمال عبد الناصر "يتحمل وحده سبب النكسه، لأنه كان يعلم جيدا بوجود فساد فى الجيش، وكان يعلم تماما ان المشير عبد الحكيم عامر لا يصلح لقيادة الجيش، وذلك بعد ما حدث منه عام 56 من سوء قياده للجيش المصري، فالعدوان الثلاثى على مصر انتهى عبر المقاومةالشعبيه فى بورسعيد، وليس عن طريق الجيش المصرى وقتها، وايضا كان القرار التعسفى لعبد الناصر باغلاق مضيق تيران امام الملاحه الاسرائليه هو الحجه التى اتخذتها اسرائيل كذريعه للهجوم على مصر لأنها اعتبرت اغلاق المضيق امامها بمثابة اعلان حرب من عبد الناصر، وليس ذلك فقط فقد أهتم مجلس قيادة الثورة بعمل " مراكز قوى " اهتموا بالمظهريات ولم يعتمدوا على نموذج عقلاني في إدارة الدولة، فلاتوجد وحدة حقيقية في الرؤيا؛ فجاءت القرارات متضاربة وتمثل الحكم بين الرئيس على مستوى الدولة والمشير على مستوى الجيش، مما أدى إلى سوءالإدارة. ووافقه الرأي جمال مظلوم، الخبير الاستراتيجى بالاهرام، على أن النكسة هى خطيئه عبد الناصر، وتعتبر وصمة عار فى تاريخه، إلى جانب وصمة العار الأخرى المتمثله فى الغدر بالاخوان المسلمين والتنكيل بهم.