رفض محمد اسماعيل رئيس الجامعة العمالية، تنفيذ القرار الصادر من جبالي المراغي رئيس الاتحاد العام لنقابات عمال مصر، ورئيس مجلس إدارة الجامعة العمالية والمؤسسة الثقافية العمالية، بإلغاء بعض الصلاحيات التي كان يتمتع بها وقام بمباشرة أعمال غير منسوبة له وذلك دون أدنى تدخل من قبل الاتحاد العام لنقابات عمال مصر وإجباره على تنفيذه. حيث كشفت المستندات التي حصلت على نسخة منها، أن القرار الذي أصدره رئيس الاتحاد العام لنقابات عمال مصر السابق الدكتور احمد عبد الظاهر للدكتور بتفويض الدكتور محمد اسماعيل وقتما كان عميدا بفرع الجامعة العمالية بالمنصورة ورأس البر، باعتباره قائما بأعمال الجامعة في كافة اختصاصات مدير عام المؤسسة الثقافية ماليا وإداريا فيما يخص اعمال الجامعة لاغيا، وذلك بموجب القرار الصادر من جبالي المراغي رئيس الاتحاد العلم لنقابات عمال مصر الحالي بتاريخ 13-1-2012. وقام المراغي بإلغاء تفويض رئيس اتحاد العمال السابق فيما يتعلق بشأن الصلاحيات التي كانت موكلة اليه فيما يتعلق بالأعمال المالية والادارية، على ان يباشر كافة اختصاصاته وصلاحياته وقفا للوائح الصادرة بهذا الشأن، الا ان رئيس الجامعة لم يلتزم بقرار اتحاد العمال. وكشف مستند اخر عن خلافات قائمة بين كلا من رئيس الجامعة ومدير عام المؤسسة الثقافية العمالية عبد الله محمود، وأن هذه الخلافات تؤكد عدم استقرار الأوضاع الجامعة والمؤسسة، وكانت هذه الخلافات بسبب عدم صرف المستحقات المالية للعاملين بالمؤسسة طبقا لحقوقهم المنصوص عليها في الميزانية العمومية التي لم يحصلوا عليها منذ اكثر من ست سنوات، حيث قام موظفو المؤسسة الثقافية على مكتب رئيس الجامعة، فقام الطرفان بتبادل الاعتذار بمراسلات في محاولة لتهدئة الخلافات.