دعا التيار العلمانى البابا «تواضروس الثانى» البطريرك الجديد للكنيسة الأرثوذكسية؛ أن ينقل إدارة الكنيسة من الفرد إلى المؤسسة عن طريق إعادة هيكلة أجهزتها الأساسية والهيئات التى تحتوى عملها، وأرسل التيار خطابا إلى البابا الجديد أكد فيه أهمية إعادة هيكلة الدائرة المعاونة للبطريرك بما يناسب المتغيرات الحالية والأوضاع التى تمر بها الكنيسة والأقباط فى مصر خاصة بعد صعود الإسلاميين. وأوضح كمال زاخر منسق تيار العلمانيين؛ أن هيكلة الكنيسة تقتضى إنشاء عدة وحدات جديدة تقوم أعمالها لتطوير العمل المؤسسى الجماعى، وأنهم حددوا فى رسالتهم الوحدات الجديدة ب 8 إدارات هى وحدة التعليم اللاهوتى والمعاهد الكنسية المتخصصة ومهمتها متابعة الإكليريكيات ووضع المناهج ومراجعة الكتب اللاهوتية وإعداد المراجع الخاصة بالتعليم الكنسى، ووحدة التشريع والقانون الكنسى وتختص بمراجعة القوانين الكنسية وإعداد القوانين واللوائح المنظمة للكنيسة على أن تعمل وحدة الطقوس والعمارة الكنسية على مراجعة وضبط الطقس وشرحه وتسجيل الألحان الكنسية وكذلك تقنين عمارة الكنائس وإحياء وتوثيق التراث والفنون القبطية.
وأضاف: تنظم وحدة الإعلام قنوات مخاطبة الرأى العام والتعامل مع وسائل الإعلام، وتحصر وحدة كنائس المهجر الكنائس والأديرة والتجمعات القبطية بالخارج لربطها بالكنيسة الأم وتبادل الخبرات معها، وستكون تقوية الوحدة المسيحية بين الكنائس هى المهمة الرئيسية لوحدة العلاقات العامة.
وتضيف رسالة العلمانيين، إن انشاء وحدة للرعاية الكنسية من شأنه دعم الرعاية الاجتماعية والروحية للأقباط بما فى ذلك إعداد البيانات التى تحتاجها منظومة الرعاية بصورة متكاملة، أما الإدارة الأخيرة التى أوصت بها رسالة العلمانيين فهى وحدة الديوان البطريركى والسكرتارية والتى تختص بتنظيم أعمال البطريركية ماليا وإداريا وتنظيم العمل الإدارى للبابا.
وترى الرسالة أن عمل كل وحدة يتطلب عددا من المتخصصين لا يقل عددهم عن 7 ولايزيد على 15 ويراعى أن يكون بينهم أحد حاملى درجة التخصص فى كل وحدة على حده.