تواجه وزير التعليم العالي الجديد الدكتور مصطفي مسعد عدة قضايا هامة وعاجلة داخل الوزارة يأتي أهمها عملية التنسيق والتي عاني الطلاب من ارتفاع الحدود الدنيا للكليات بشكل مبالغ فيه، حيث أصبح الحد الأدني لكليات الطب 99.1% ولكليات الصيدلة 98.4% وهو ما أدي إلي قيام الطلاب بعدة تظاهرات أمام المجلس الأعلي للجامعات ووزارة التعليم العالي في أول يوم للوزير الجديد في منصبه وكذلك قطع للطرق في محافظات طنطا والشرقية، رافعين لافتات "جايبين 98 ومش طايلين"، "التنسيق للطالب الفضائي" . أما الأزمة الثانية أمام الوزير الجديد هي تنسيق الجامعات الخاصة والتي أوقفت قبول الطلاب المصريين في مقابل السماح بالتحاق الطلاب العرب بها لارتفاع مصاريفهم وتحصيلها بالعملية الأجنبية، مما أدي إلي عدم وجود اماكن شاغرة للطلاب المصريين بالرغم من حصولهم علي مجاميع أعلي من الحدود الدنيا للجامعات الخاصة. ويواجه وزير التعليم العالي عقبة جديدة في طريقه تتمثل في صرف الزيادات المالية التي أقرها رئيس الجمهورية الدكتور محمد مرسي من خلال إقراره تعديلات قانون تنظيم الجامعات والتي تسمح بزيادات بدل الجامعة، والتي لم تصرف حتي الآن بالرغم من صدور القرار منذ يوليو الماضي لعدة أسباب منها اضراب الموظفين في عدد من الجامعات ورفضهم صرف الزيادات وكذلك عدم وجود مخصصات مالية داخل الجامعات لصرفها في الوقت الحالي كما أن الجامعات التي قامت بصرف الزيادات لم تصرفها بشكل كامل. أما الأزمة الأخيرة والمتفجرة التي تواجه وزير التعليم العالي الجديد هي مشكلة صياغة قانون جديد لتنظيم الجامعات والتي يتنازع علي صياغته عدد كبير من الأطراف المعنية منها الأساتذة وينقسمون إلي مستقلين ومجلس استشاري والنوادي الجامعية إلي جانب الحرس القديم "الفلول داخل الجامعات" كما يتصارع علي صياغة القانون موظفي الجامعات الذين يشعلون الجامعات في الأسبوعين الماضيين لتنفيذ عدة مطالب لهم منها زيادة مكافآت الامتحانات، رفع الحافز إلى 400% أسوة بما يحدث بمصالح الدولة، والمشاركة في انتخابات القيادات الجامعية لكون وظيفة رئيس الجامعة وظيفة ادارية. وأخيراً فإن الأزمة التي تتعلق بالجامعات بشكل جدي ويهتم بها عدد كبير من الأساتذة هي استقلالية الجامعات والتي لم يستطيع العمل عليها ما لم يكن مقتنعاً بأهمية الاستقلال خاصة مع ظهور عدد من الأساتذة المنادين بعدم استقلالية الجامعات معتبرين أن الاستقلالية تخلق دولة داخل الدولة وتسمح باستبداد كل رئيس جامعة علي العاملين داخل دولته المستقلة.