آية الله حسنى شهدت إجتماعات اللجنة التأسيسية إختلافات بين أعضاءها حول الابقاء على ان تكون مؤسسة الازهر المرجعية الدينية أم لا حيث رفض أعضاء التأسيسية من السلفيين أن يظل الازهر هو المرجعية وكان على رأسهم مؤنس مخيون عضو التأسيسية والقيادى بحزب النور السلفى. وهنا يرى الدكتور جميل علام عميد الشريعة بجامعة الازهر أن الاشكاليه ليس حول مرجعية الازهر من عدمها ولكن الاشكاليه الحقيقىه هو التنازع حول من تكون له المرجعية فى حال وجود مشكلات فقهية أو دينية. وأكد علام "للصباح" أنه من الافضل أن يتم إلغاء النص الذى يقول أن الازهر هو المرجعية وذلك لانه بمجرد أن تكون الشريعة الاسلامية هى مصدر التشريع لا نحتاج موافقة أى شخص ذلك ولا أن تكون هناك مرجعية لذلك. وأوضح علام أنه فى حالة بقاء الازهر المرجعية الدينية للدولة فإن ذلك سيكون فى غاية الخطورة وذلك لان شيخ الازهر الذى يأتى على رأس المشيخة قد يكون مسيس وقد يكون مستقل وإذا كان مسيس فإننا سنرى ما كنا نراه وقت الرئيس السابق حسنى مبارك وستكون جميع قراراته متوقفه على موافقة الرئيس عليها كذلك لا نضمن أن يكون شيخ الازهر مستقل. واضاف علام أن فكرة ان يكون الازهر مرجعية بالنسبة للمسلمين فإن ذلك سيثير جدلا بين أصحاب الديانات الاخرى التى ستطالب بدورها أن تكون مؤسساتها هى مرجعيتها مما سيخلق إنشقاقات جديدة داخل المجتمع الواحد. وتابع علام أنه فى حال الاستغناء عن نص ان يكون الازهر هو مرجعية الدولة فإن أى نزاع فى مجال الفقة او الشريعة فإنه سيحال بموجب القانون إلى المحكمة الدستورية والتى بدورها ستقوم بإنتداب لجنة مختصة من مشايخ مختصين من لازهر للنظر فى هذه الاشكالية ومن ثم لا نحتاج ان يكون الازهر هو مرجعيتنا لاننا لا نضمن انتماءات رؤساءه. ومن جانبه يرى الدكتور عمرو هاشم ربيع الخبير السياسي بمركز الاهرام للدراسات الاستراتيجية أن المرجعية ستكون لمجمع البحوث الاسلامية التابع للازهر والذى كان موكل له المرجعية التشريعية إلا مؤسسة الازهر رفضت هذا الطرح منذ البداية. كما أكد ربيع "للصباح" أن الاجراءات الانتخابية التى ستقوم بمشيخة الازهر فى المرحلة القادمة ستسفر عن نجاح الشيخ عبد الرحمن عبد البر فقية جماعة الاخوان المسلمين مما يعنى سيطرة الجماعة على الازهر الشريف. وأوضح ربيع ان تولى الاخوان المسلمين رئاسة مؤسسة الازهر الشريف سيدخله فى أسوأ عصوره إلا أنها الافضل على الاطلاق من ان تقع مؤسسة الازهر فى أيدى الجماعات السلفية. بينما قال الدكتور عصام الاسلامبولى الفقية الدستورى "للصباح" ان المرجعية لابد ان تكون للدستور وذلك لانه إذا تولى رئاسة الازهر أحد رموز الجماعات الدينية المتشدده فى إشارة منه "للاخوان والسلفيين" فوقتها ستكون المرجعية الدستورية ستكون بمنئ عنهم. كما أكد الاسلامبولى ان اجراء انتخابات رئاسة المشيخه من خارج مؤسسة الازهر هو غير دستوري على الاطلاق ولابد أن يكون شيخ الازهر من داخل المؤسسة وليس من خارجها لانه لابد ان يكون عالم تماما بشئون الدين.