تردد اسمه خلال الفترة الأخيرة كثيرًا، وتسببت الأحكام التى أصدرها فى القضايا المتعلقة برموز جماعة الإخوان فى هجوم شديد عليه من لجان الإخوان الإلكترونية على الفيس بوك، وجاءت قضية الناشط السياسى أحمد دومة المحبوس فى قضية خرق قانون التظاهر لتثير جدلا كبيرًا حوله ثم اكتملت دائرة الجدل الواسعة بتصريحاته الأخيرة حول تعرضه لمحاولة اغتيال بعبوة ناسفة لدى استقلاله سيارة على الطريق الدائرى، فى غضون آخر جلسة من جلسات قضية غرفة عمليات رابعة، لكن العبوة انفجرت بعد مروره بخمس دقائق. المستشار محمد ناجى شحاتة، رئيس محكمة الجنايات، الذى أحال عددًا من قيادات الإخوان مرتين للمفتى.. وسجن بديع والبلتاجى وحجازى وعودة 25 سنة، وأصدر أحكامًا ما بين البراءة والسجن المشدد على متهمى الجزيرة ب«خلية الماريوت»، وحبس دومة 3 سنوات، ويحاكم 51 قياديًا إخوانيًا باتهامات تتعلق باعتصام رابعة العدوية، قاضى الدائرة «5» إرهاب. اتهمه عدد من النشطاء على مواقع التواصل الاجتماعى أن لديه صفحة شخصية على موقع الفيس بوك يبث من خلالها آراء سياسية ضد الثورة، ومناهضة لجماعة الإخوان فى تلميح لعدم صلاحيته للبت فى قضايا تتعلق بجماعة الإخوان أو الثورة، وقاموا بنشر مجموعة من الصور ادعوا أنها من صفحة المستشار الشخصية توضح أن الأخير مشترك بصفحات غير لائقة، وتم حسم هذه الادعاءات من جانب المستشار شحاتة الذى نفى امتلاكه لحساب على «فيس بوك» من الأساس مؤكدًا أن كل ما قيل عنه لا صحة له. ينظر شحاتة 3 قضايا كبرى تتعلق بجماعة الإخوان ورموز تابعة لثورة 25 يناير أهمها هى قضية أحداث الاستقامة، ففى 30 أغسطس قضت دائرة «شحاتة»، بالسجن المؤبد لمحمد بديع المرشد العام لجماعة الإخوان، ومحمد البلتاجى وصفوت حجازى بالإضافة إلى 5 قياديين آخرين بالجماعة فى اتهامهم بالقضية المعروفة إعلاميًا ب«أحداث الاستقامة»، فيما قضت المحكمة بمعاقبة 6 متهمين هاربين غيابيًا بالإعدام شنقًا. أما القضية الثانية للمستشار شحاتة فهى «قضية خلية الماريوت»، والتى أصدر فيها حكمًا على 17 صحفيًا بالسجن مدة من 7 إلى 10 سنوات وبراءة 3 آخرين. وما زال «شحاتة» ينظر حتى الآن قضية يتهم فيها عدد من قيادات الإخوان من بينهم بديع وصفوت حجازى والبلتاجى، و48 آخرون لاتهامهم بإعداد غرفة عمليات بميدان رابعة العدوية لتوجيه تحركات التنظيم، بهدف مواجهة الدولة عقب فض اعتصامى «رابعة العدوية والنهضة» وإشاعة الفوضى فى البلاد. وينظر المستشار ناجى شحاتة أيضًا قضية «أحداث مجلس الوزراء» التى يحاكم بها دومة و269 آخرون، وأثناء جلسات هذه القضية دار الخلاف الشهير بين دومة وقاضى المحاكمة بسبب سؤال دومة للقاضى عن حساب الفيس بوك الخاص به، فأنكر القاضى امتلاكه لأى حساب على «فيس بوك»، واعتبره القاضى إهانة للمحكمة وأمر بحبسه 3 سنوات وتغريمه 10 آلاف جنيه.