أقام مركز الضمير الإنسانى للحقوق والحريات دعوى قضائية أمام القضاء الإدارى طالب فى نهايتها بإصدار حكم قضائى بإلغاء تنسيق الثانوية العامة وذكرت الدعوى التى حملت الرقم 56387 لسنة 66 ق أمام المحكمة أن التنسيق تم بالمخالفة لمبدأ مجانية التعليم ومبدأ الكفاءة وكذلك بالمخالفة للقوانين والاتفاقيات الدولية التى صدقت عليها مصر حيث نصت اتفاقية "العهد الدولى للحقوق الاقتصادية والاجتماعية والثقافية" والتى تم التصديق عليها بالقرار الجمهورى رقم 537 سنة 1981 وصدقت عليها مصر فى عام 1982 م بتاريخ 14 يناير وتنص الاتفاقية فى الفقرة ج من المادة 13 على جعل التعليم العالى متاحا للجميع على قدم المساواة تبعا للكفاء. وأشار إلى أن التنسيق لدخول الجامعات هذا العام جعل المقدرة المالية وليس الكفاءة هى أساس الالتحاق بالجامعات الخاصة وهذا مخالف مبدأ المساواة وتكافؤ الفرص ومجانية التعليم حيث جعل التنسيق أحقية للحاصل على 88 فى المائة في دخول كلية الطب بإحدى الجامعات الخاصة بينما حرم هذا التنسيق من حصل على 98 فى المائة من دخول إحدى كليات الطب فى الجامعات الحكومية. كما أكدت الدعوى أن ارتفاع معدل القبول بالجامعات الحكومية هذا العام كان أحد أسبابه إضافة درجات الحافز الرياضى للمجموع بدون ضوابط وبالمخالفة للقرار الوزارى رقم 14 لسنة 97 الصادر بشأن ضوابط ضم الحافز الرياضى لدرجات الثانوية العامة. وطالب المركز في نهاية الدعوى بإلغاء نتيجة التنسيق الثانوية العامة للقبول بالجامعات الحكومية والخاصة للعام الحالى 2012 م للحفاظ على مستقبل أوائل ومتفوقى الثانوية العامة على أن يعاد التنسيق مرة أخرى ويتفق مع مبدأ تكافؤ الفرص بين الطلاب الذين يريدون دخول الجامعات الخاصة والطلبة الذين يريدون دخول الجامعات الحكومية.