قال الأنبا باخوم أسقف سوهاج والمنشأة والمراغة إن الكنيسة لم تنحز إلى أحد من مرشحي الرئاسة وكانت تعليماتها للأقباط هى الخروج والتصويت لأى مرشح وعدم إبطال الصوت. وأضاف خلال لقائه بوفد من حزبي "البناء والتنمية" و"الحرية والعدالة" فى مبادرة للم الشمل: "دائمًا ما نقول مصر لا تنصلح إلا عندما يزداد الإسلامي إسلامًا والقبطي والمسيحي مسيحية، لأن الأديان تدعو إلى المحبة والسلام، فلو أننا كنا ملتزمين، فسوف تكون مصر فى أفضل حال وسوف نعيش فى جنة الله على الأرض لأننا فى مركب واحد نقطف الورد معًا ونزيل الشوك معًا". وأكد اسقف سوهاج أن الكنيسة لن تعطي أوامر للتصويت لصالح الفريق شفيق .