قال نبيل نعيم، مسؤول جماعة الجهاد الإسلامى، إن تنظيم القاعدة موجود فى مصر، لكن عدد أعضائه لا يزيد عن 500 شخص يقيمون فى سيناء، أغلبهم من المؤمنين بفكر التكفير، وهم بقايا جماعات "الناجون من النار"، و"التكفير والهجرة"، و"القطبيين"، لكنهم أعلنوا انتمائهم فكريا وتنظيميا للقاعدة، بعد الثورة خاصة بعد حل جهاز مباحث أمن الدولة. وتوقع نعيم دخول مصر مرحلة من العنف الدموى نتيجة غياب الفكر الوسطى، وتعميق هوية الخلاف بين التيارات الإسلامية التى أصبحت بمثابة رد فعل على ممارسات المجلس العسكرى، وترى أن هذه الممارسات ضد مبادئ الثورة، وتحول دون إقامة دولة القانون والشريعة معا.