أعلن وزير التعليم العالي خالد عبد الغفار، أن طريقة قبول الطلاب بالجامعة اليابانية المصرية، ستكون قائمة على المنح الدراسية وممولة من الحكومتين المصرية واليابانية ومؤسسة مصر الخير مع منح للتميز، مشددًا على أن الجامعة هي نموذج دراسة تطبيقية، وتتماشى مع مدارس المتفوقين مثل النيل، والتي تعتمد على التفكير المنطقي من خلال المشاريع التطبيقية. كما أكد وزير التعليم العالي، أن الحد أالأدنى للقبول بكلية للهندسة 85%، وكلية إدارة الأعمال 70%، مع امتحانات القدرات.