بالتزامن مع حلول الذكرى الأولى لتجلي العذراء مريم على كنيسة العذراء بحدائق الزيتون عام 1968م، فإنه لم تكن تلك المرة الأخيرة لتجلي السيدة العذراء، حيث ظهرت على معظم كنائس مصر في أوقات مختلفة، وكان آخرها ظهورها في كنيستها بوراق الحضر التابعة للمطرانية، حيث تجلى نورها في مناظر روحانية نورانية، على هيئة فتاة ترتدي أبيضًا وتشع نورًا، وما أن تتجمع الجموع الغفيرة لمشاهدة صورة العذراء، حتى تختفي وسط تراتيل الجماهير الغفيرة المنتظرة لمسات السيدة العذراء. الظهور الأول في 2 أبريل سنة 1968، بدأت مريم العذراء تتجلى في مناظر روحانية نورانية في وعلى قباب الكنيسة المدشنة باسمها الطاهر في حدائق الزيتون من ضواحي مدينة القاهرة، فأقبل الجميع وحدقوا النظر، ليجدوا فتاة ترتدي أبيض وتشع نورًا. ارتفعت صيحاتهم إليها خوفًا أن تسقط، وظن البعض منهم أنها فتاة تنوي الانتحار، فصرخوا لنجدتها، وأبلغ بعضهم شرطة النجدة، فتجمع المارة من الرجال والنساء، وأخذ منظر الفتاة يزداد نورًا ويشتد ضياءً، وكانت تمسك في يدها بعض أغصان شجر الزيتون، وفجأة طار سرب حمام أبيض فوق رأسها، وحينئذ أدركوا أن هذا المنظر مخالف للطبيعة، وعزموا على تحطيم المصابيح الكهربائية بالشارع والقريبة من الكنيسة، فبدت الفتاة أكثر وضوحًا، وأخذت تتحرك وحولها هالة مشعة، حينها أيقن الجميع بأن الفتاة التي أمامهم هي دون شك "مريم العذراء"، فعلى التصفيق والصياح والتهليل، مرددين: "السلام عليكي يا مريم". استمر ذلك التجلي عدة ليال متعاقبة، وإلى بضع ساعات دون توقف أمام عشرات الآلاف من المصريين مسلمين ومسيحيين، يشيرون إليها ويتشفعون بها في ترتيل وابتهال ودموع وتهليل وصلاة. العذراء حول كنيسة بأدفو وفي يوم 21 أغسطس 1982م، تجلى ظهور السيدة العذراء, في تمام الساعة الثامنة وعشر دقائق، حول الكنيسة بأدفو التابعة لإيباريشية أسوان أثناء بدأ الاحتفال ودورة أيقونة العذراء. وهنا بدأت الجموع الغفيرة بداخل الكنيسة تشاهد ومضات سريعة وشاهقة البياض من النور داخل الهيكل الرئيسي الأوسط, ثم شاهد البعض ومضه سريعة لصورة السيدة العذراء مريم, ثم طارت حمامة من الجنوب إلى الشمال ورشت مياه على كثيرين من الحاضرين.
كنيسة القديسة دميانة وفي مساء 25 مارس 1986م، تجلت العذراء مريم بين قباب كنيسة القديسة دميانة بأرض البابا دبلو شبرا، وقد سطع نورها على المنازل المجاورة وشاهدها سكان المنازل الخلفية وهى تتجلى بحجمها الطبيعى الكامل محاطة بهالة نورانية على القبة الشمالية وتكرر الظهور أكثر من مرة واستمر في إحداها عشرون دقيقة وفي كل مرة يرتفع تهليل الجموع, ولم تمضى إلا ساعات قليلة حتى انتشر الخبر بسرعة البرق في هذه المنطقة التي يسكنها أغلبية من المسيحيين فازدحمت الشوارع المحيطة بالكنيسة وظلوا حتى الصباح وسط أصوات الترانيم والتسابيح. وقد شكل قداسة البابا شنودة الثالث لجنة لتقصى الحقائق فشاهدت اللجنة ظهور العذراء مريم وقد اقترن هذا الظهور بمعجزات الشفاء لكثير المرضى بأمراض مستعصية التي عجز الطب عن علاجها الذين توافدوا عليها طلبًا للشفاء.
ظهورها على جبل أسيوط وفي عام 1988، حدث تجلي آخر للعذراء على جبل أسيوط، وأجمع الكثير من شهود العيان أنها ظهرت مرات عديدة، ولأعداد كثيرة من الناس، وبالشكل المعروف بها كطيف يتهادى على قمة الجبل لمدة ساعتين، مع أول خيط من ظلام الليل وقد شاهد طيفها أكثر من ألف زائر, وصاحبها ظواهر روحية في هذا المكان مثل ظهور حمام أبيض يطير في ظلمة الليل فوق الدير. ويعد الجبل الغربي بأسيوط، أقصى بقعة وصلت إليها العائلة المقدسة من أرض مصر في رحلة هروبها من هيرودس الملك وهذا معروف طبقًا للتقليد الكنسي للكنيسة القبطية.
ظهور العذراء أعلى الكنيسة بالوراق وفي ديسمبر 2009، أي في عهد قداسة البابا المعظم الأنبا شنودة الثالث و حبرية نيافة الأنبا دوماديوس مطران الجيزة، أعلنت مطرانية الجيزة أنه حدث ظهور وتجلى للسيدة العذراء في كنيستها بوراق الحضر التابعة للمطرانية، وهو ظهور كامل للسيدة العذراء وهي بملابسها النورانية فوق قبة الكنيسة الوسطى بالثوب الأبيض الناصع وتشد وسطها بحزام لونه أزرق ملوكي، وعلى رأسها تاج وفوق التاج صليب القبة، وصلبان الكنيسة يصدر منها أضواء باهرة، وقد رآها كل أهل المنطقة وهي تنتقل و تظهر على البوابة بين المنارتين.
وظل هذا الظهور من الساعة الواحدة صباحًا حتى الساعة الرابعة فجر اليوم التالي، كما رصدتها كل عدسات التصوير والموبايلات وتقاطر جماهير المنطقة والمناطق المجاورة والمارة وتجمَّع في هذا الوقت ما يقرب من 3 ألاف نسمة في الشارع أمام الكنيسة.
وتلى هذا الظهور كل يوم من بعد الثانية عشر حتى الصباح تجليات عبارة عن حمام يطير على فترات من الليل ونجم مضيء يظهر بسرعة ويسير في حدود مائتين متر ويختفي وسط تراتيل الجماهير الغفيرة المنتظرة لمسات السيدة العذراء. حقيقة ظهور العذراء وبعد الظهور الأخيرة للعذراء على كنيستها بالوراق، والجدل المثار حول حقية الظهور من الوهم، أكد البابا شنودة الثالث، بابا الإسكندرية الراحل، في عظته الأسبوعية، أن ظهور العذراء الأخيرة بكنيسة الوراق حقيقة واضحة شاهدها الآلاف من المسلمين والمسيحيين، مضيفًا: "إنكار البعض لها لا يعني أنها لم تظهر".
وتابع البابا: "أقول لمن ينكرون الظهور من باب أنه لم ترد عنها إشارة في الإنجيل، أن الكتاب المقدس تحدث عن الأمور التي وقعت في القرن الأول للمسيحية وعصر الرسل، أما الباقي فلم يذكره، لأنها جاءت بعد زمن كتابته"، لافتًا إلى وقوع الكثير من العجائب بعد نزول الكتب السماوية لم تذكرها هي، وإنما ذكرها التاريخ. شائعة مروجة وبرغم توضيح بابا الإسكندرية حقيقة الظهور، إلا أن الجدل استمر، حتى قال إكرام لمعي نائب رئيس الطائفة الإنجيلية: "الكنيسة القبطية تحاول إثبات صحة معتقداتها بترويج تلك المعجزات، بدليل أن الحديث عن ظهور العذراء لا يوجد إلا عند الأقباط الأرثوذكس في مصر فقط، واختيار العذراء بالذات يرجع إلى إجلال المسلمين والمسيحيين لها على السواء، وإلا لكان من الأولى ظهور المسيح، فالظهور سياسي في الأساس".