بدأت المؤسسات الدينية في مصر تخاذ إجراءاتٍ حاسمةٍ ضد أبنائها ممن ينتمون فكريًا أو بالعضوية إلى جماعة الإخوان المسلمين، أو أى من الكيانات المشابهة ك"الاتحاد العالمي لعلماء المسلمين، أو جبهة علماء الأزهر، أو رابطة علماء أهل السنة، أو جبهة علماء ضد الانقلاب أو الاتحاد العالمي لعلماء الأزهر"، أو غيرها من الكيانات التي لا يعترف بها الأزهر ففي الأزهر أصدر الدكتور عباس شومان، وكيل الأزهر، منشورًا يخاطب فيه جميع العاملين بالأزهر الشريف بضرورة تقديم ما يثبت تبرؤهم من الكيانات التي تحرِّض على نظام الحكم وتهدد أمن واستقرار الوطن. وطالب المنشور العاملين بالأزهر الذين ينتمون أو يشتركون في عضوية أحد الكيانات الخارجة على المسلك الوطني المصري، بضرورة التقدم إلى جهة العمل التي ينتسبون إليها بالأزهر الشريف بما يفيد قطع صلتهم بهذه الكيانات، وعدم الإقرار بما تقوم به من التحريض على نظام الحكم وتهديد الأمن والاستقرار، وذلك خلال خمسة عشر يومًا من إعلان هذا المنشور، وسيعتبر عدم التقدم إلى جهة العمل بما يفيد ذلك إقرارًا وموافقة على مسلك هذه الكيانات. وحذر وكيل الأزهر، جميع العاملين بالأزهر عدم إنشاء أية كيانات تحت أي مسمى دون موافقة الإمام الأكبر شيخ الأزهر، محذرًا من الزج باسم الأزهر في كياناتٍ قائمةٍ أو مزمع إنشاؤها بما يخل برسالة الأزهر وتوجهه العام ودوره الوطني والتاريخي. قرار مشيخة الأزهر، فقد سبقته وزارة الأوقاف بقرارات مماثلة، حيث منعت عدد من العلماء من الخطابة، كما قامت بوقف وإنهاء خدمة عدد من أئمتها، كالشيخ عبدالعزيز رجب، والدكتور أحمد المعصراوي، والشيخ منير جمعة، والشيخ خالد خليف، والشيخ أحمد الدبشة، والدكتور محمد بهاء النور، والشيخ جمال يونس، والشيخ محمد عبد رب النبي، وذلك بعد أن اثبتت الوزارة تبنيهم لأفكار جماعة الإخوان المسلمين. الشيخ محمد عبدالرازق عمر، رئيس القطاع الدينى بوزارة الأوقاف، قال إن الوزارة لن تسمح بوجود أى من عناصر الجماعة الإرهابية بين أبنائها. وأوضح "عبدالرازق" في تصريح ل"الفجر"، إن الحملات التفتيشية مستمرة على المساجد، لضبط الخطاب الديني والدعوى، ووأد أى محاولات لعناصر جماعة الإخوان للصعود على المنابر. وأكد رئيس القطاع الدينى بوزارة الأوقاف، أن الوزارة تُحكم سيطرتها على جميع مساجد الجمهورية ولا تسمح لأى جماعة، أو فصيل، أو حزب، بممارسة أى نشاط دعوى بها. وعلق الشيخ عبد العزيز رجب، المفتش بوزارة الأوقاف، على قرار فصله قائلا: "إن هذا القرار وسام شرف على صدرى". وأوضح رجب، في تصريح ل"الفجر"، أنه خلال الأيام القادمة سيكشف بالمستندات فساد عدد من القيادات الحالية بوزارة الأوقاف.