شكك دفاع المتهمين في القضية المعروفة إعلاميًا ب"خلية الظواهري"، في منطقية ما جاء في محضر التحريات بأن التنظيم محل القضية والذي وصفه ب"التنظيم المزعوم"، تم إنشائه للدفاع عن مصالح جماعة الإخوان والرئيس المعزول محمد مرسي. وأوضح عضو الدفاع أن التنظيمات الجهادية المتصلة ب"تنظيم القاعدة" و"داعش" تُكفر "مرسي" وجماعته وتصفه ب"الطاغوت"، مقدمًا للمحكمة في هذا الصدد حافظة مستندات حوت مقاطع من مواقع إخبارية تابعة لتلك التنظيمات توضح مقصده وتبرهن صحة ما تقدم به، مشيرًا إلى حادثة "مذبحة رفح الأولى" التي وقعت خلال رمضان عام 2012.
وعلق عضو الدفاع بأن جماعات الفكر المتطرف ارتكبت تلك الجريمة على الرغم من أن "مرسي" كان على رأس القيادة السياسية حينها.