نفى اللواء عبد الحميد خيرت، نائب رئيس الأمن الوطنى السابق، وجود عناصر تابعة للإخوان داخل جهاز الأمن الوطنى على عكس جهاز الشرطة الذى من الممكن أن يكون به تلك العناصر، مشيرا إلى أن الجهاز تحمل أعباء كبيرة ولعب دور وطنى مهم اثناء فترة حكم المعزول وغير مخترق من الجماعة المحظورة. وأضاف خيرت، خلال حواره ببرنامج "90 دقيقة" والمذاع بقناة "المحور"، أن مؤسسة الرئاسة أثناء حكم الإخوان طلبت من رئيس الجهاز أن يتابع ثلاث ملفات فقط وهم أنصار الفريق شفيق والشيعة والشيوعيين وأن يتجاهل أى شئ خاص بالتيار الإسلامى، موضحا أن هذه الطلبات كان تخدم النظام، إلا أن رئيس الجهاز كان يتحمل هذه الأمور على عاتقه الشخصى، ولم يأخذ تلك التعليمات محمل الجد، على حد قوله.