دعا بابا الفاتيكان فرانسيس الأول إلى عدم تهميش مثليي الجنس. وقال البابا في تصريحات للصحفيين على متن الطائرة التي أقلته إثر عودته من زيارة البرازيل "إذا كان هناك شخص مثلي الجنس، يسعى إلى الله، ويتحلى بالإرادة الخيرة، فمن أنا كي أحكم عليه". وأشار البابا أيضا إلى تعاليم الكنيسة الكاثوليكية الرومانية والتي تقول إنه "بينما تعتبر أفعال المثليين مؤثمة، فإن التوجه الجنسي المثلي ذاته غير مؤثم". وأعرب البابا عن رغبته في دور أكبر للنساء في الكنيسة، إلا أنه اصر على أنهن لا يمكن أن يكن قسيسات. ووصل البابا إلى روما الإثنين، عائدا من زيارته إلى البرازيل وهي الأولى إلى الخارج بعد تنصيبه بابا للفاتيكان.وكانت لحظة الذروة في زيارته للبرازيل عندما حضر قداسا على شاطئ كوباكابانا في مدينة ريو دي جانيرو لشباب الكاثوليك في العالم. ويقدر العدد الذي حضره بحوالي 3 ملايين شخص. وينظر إلى تصريحات البابا فرانسيس الأول حول مثليي الجنس باعتبارها أكثر تصالحية من سابقه بندكتوس السادس عشر حيال هذه القضية. ووقع البابا بنديكتوس السادس عشر وثيقة في عام 2005 ذكرت أن الرجال أصحاب الميول الجنسية المثلية العميقة لا ينبغي أن يكونوا قساوسة. إلا أن فرانسيس قال إنه ينبغي أن يشمل الغفران رجال الدين مثليي الجنس، وأن تنسى خطاياهم.وقال في مقابلة مطولة مع الصحفيين إن "التعليم المسيحي للكنيسة الكاثوليكية يفسر هذا بشكل جيد للغاية"، حيث ينص على "إنهم لا ينبغي أن يهمشوا بسبب هذا( التوجه مثليي الجنس) ولكن لابد من ادماجهم في المجتمع".