قرر الدكتور محمد مرسى رئيس الجمهورية تحديد اختصاصات وصلاحيات نائبه المستشار محمود مكى، وتأتى أبرز المهام الموكلة لنائبه كالتالى: صلاحية إصدار القرارات وإتخاذ الإجراءات التى تقتضيها الضرورة حال قيام مانع مؤقت يحول دون مباشرة رئيس الجمهورية لإختصاصاته ، ولا يشمل ذلك طلب تعديل الدستور، أوحل مجلس الشعب أو مجلس الشورى ، أو إقالة الوزارة.
وأيضا صلاحية إصدار القرارات وإتخاذ الإجراءات التى يفوضه فيها رئيس الجمهورية فى حالة وجوده خارج البلاد، وأيضاً الإطلاع على مشروعات القوانين والقرارات التى تقترحها الجهات المختصة، ودراستها وإبداء الرأى بشأنها لرئيس الجمهورية.
كما أسند مرسى إلى نائبه قيادة مشروع الإصلاح التشريعى بما يكفل استقلال القضاء وترسيخ مبدأ الفصل بين السطات بما يحقق أهداف ثورة 25 يناير ويؤسس لبناء الدولة الحديثة .
وقد كلفه الرئيس بالإشراف على الحوار الديمقراطى بين أطياف الأمة، والقوى السياسية والإشراف على رعاية الحقوق والحريات الدستورية، ومراقبة إحترامها من كافة أجهزة الدولة.
وذلك بجانب معاونة رئيس الجمهورية فى إدارة وتوجيه ومتابعة أعمال مساعدى ومستشارى رئيس الجمهورية وتمثيل رئيس الجمهورية فى المهام التى ينيبه فيها.
ومنحه الرئيس أيضا الحق فى تكليف أجهزة الدولة المركزية والمحلية والرقابية بإفادته بأية بيانات أو معلومات أو إحصاءات يطلبها منها ،وله الحق أيضاً فى أن يكلف تلك الجهات أو غيرها بإبداء الرأى شفاهةً أو كتابةً فيما يعرض على سيادته.
جاء هذا القرار الرئاسى بتحديد هذه الصلاحيات والإختصاصات فى إطار القرار الجمهورى رقم 103 لسنة 2012 والمؤرخ فى 12 أغسطس الماضى بشأن تعيين المستشار محمود محمود أحمد مكى نائباً للرئيس محمد مرسى .