أثبتت التحقيقات فى قضية إتلاف مستندات أمن الدولة بعضا من أدلة الثبوت فى القضية، ومن بينها أن عدداً من المتهمين اعترفوا بأنهم تلقوا تعليمات عن طريق خطابات رسمية تطالبهم بحرق الملفات، فى الوقت الذى أثبت فيه قاضى التحقيق أن معاينة النيابة العامة أكدت وجود آثار فرم كميات كبيرة جداً من المستندات. . كما ثبت من معاينة النيابة العامة لمقر مباحث أمن الدولة بأسوان خلو المكاتب من المستندات وآثار فرم لكمية كبيرة من المستندات، ووجود 5 آلات فرم مستندات محاطة بتلال من الأوراق المفرومة. وتبين من معاينة النيابة لمكان حرق مستندات فرع مباحث أمن الدولة بالبحر الأحمر أنه مكان على جانب الطريق الجبلى غير ممهد والحريق على بعد 100 متر تقريباً من الطريق الدائرى وثبت من المعاينة احتراق عدد كبير من المستندات .
وثبت من معاينة النيابة العامة لمقر مباحث أمن الدولة بالشرقية وجود آثار حريق لعدد كبير جداً من المستندات والأوراق الخاصة بمباحث أمن الدولة وبمكتب مفتش الفرع مفرمة أوراق بداخلها كمية من الأوراق المفرومة. أما في بنى سويف، ثبت من معاينة النيابة العامة لمكان إعدام مستندات فرع مباحث أمن الدولة أنه عبارة عن مبنى فى منطقة صحراوية على بعد 700 متر من أقرب بناية وهى منطقة صحراوية وجبلية.