رغم مرور 9 سنوات على توقيع عقد انشائها فى يولية 2003 بين وزارة الاوقاف وشركة اطلس العامة للمقاولات بقيمة اجمالية بلغت 9 مليون و800 الف جنيها لتنفيذ المستشفى خلال 9 اشهر فقط الا ان الازمات لازالت متواصلة بين وزارة الاوقفا من ناحية وشركة اطلس من ناحية اخرى حيث شهدت الساعات الماضية قيام وزارة الاوقاف بتهديد الشركة بخصم نسبة40% المنصرفة بالزيادة عن اسعار التعاقد وذلك بموافقة وزير الاوقاف وهو الامر الذى على اثرة قررت اطلس اللجوء للقضاء لفسخ العقد بينها وبين الاوقاف على انشاء مستشفى الدعاة بسوهاج والزام الاوقاف بان ترد لها مبلغ 173 الف جنيها قيمة التامين الاجبارى على الاعمال والزام الوزارة ايضا بان تؤدى لها مبلغ 3 ملايين جنيها تعويضات وكذلك رد مبغ 346 الف جنيها قيمة ما تم استقطع من مستحقات .