أكد الدكتور رأفت فودة أستاذ القانون الدستوري بجامعة القاهرة أن ماحدث في قضية المنظمات الأجنبية أبرز دليل على أن القضاء المصري مخترق تمامًا ويحتاج إلى التطهير الجذري، مشيرًا إلى أن ماصرح به رئيس محكمة استئناف القاهرة ضد زميله هو إهانة للقضاء المصري الذي وصفة بأنه مليء بأتباع النظام السابق. وأشار فودة إلى أن ما أشيع عن هبوط الطائرة الأمريكية على أرض مطار القاهرة دون إذن مسبق من السلطات المصرية هو كلام فارغ لايستطيع أي عقل بشري تصديقة، معتبرًا أن ما أشيع يعد بمثابة الطامة الكبري التي لايجب السكوت عنها وينبغى على كل المسئولين المصريين تقديم استقالاتهم من مناصبهم وأن يقدموا إلى المحاكمة فورًا. وأوضح أستاذ القانون بجامعة القاهرة أن التدخل السافر الذي مارسه المجلس العسكري ومعه السفارة الأمريكية سيؤثر بالسلب علي استرداد الأموال المصرية المهربة إلى الخارج، مؤكدًا أن القضاء الأوروبي قضاء مستقل ولايقبل بأي ضغوط علي قراراته ومن ثم عدم الإعتراف بقرارت القضاء المصري نظرًا لتشوية صورته أمام الرأي العام العالمي. وشدد فودة علي ضرورة محاسبة المتسبب في تشويه صورة القضاء المصري بداية من المشير مرورًا بالمستشار عبدالمعز إبراهيم نهاية إلى أصغر مسئول في القضاء المصري.