انتقد الدكتور حسين عيسي رئيس لجنة الخطة والموازنة بمجلس النواب، استخدام مصطلح "النظام المحاسبى الموحد" في موازنة هيئة الأوقاف، ووصف القانون المنظم بأنه "مليان ثغرات"، مشيرًا إلى القانون رقم 204 لنظام المحاسبين الموحد، لافتًا إلى استخدام مصطلح في السابق أكثر تعبيرًا من ذلك مصطلح "تحويلات جارية تخصيصية". جاء ذلك خلال اجتماع لجنة الخطة والموازنة، المُنعقد الآن بمجلس النواب لمناقشة موازنة وزارة الأوقاف والجهات التابعة لها عن العام المالي 2019/2020 وموازنة البرامج والأداء الخاصة بالوزارة عن ذات السنة. من جانبه انتقد عصام الفقي أمين سر لجنة الخطة والموازنة بمجلس النواب، عدم تقديم تسهيلات من قبل هيئة الأوقاف تجاه مطالب المواطنين في المحافظات، قائلًا:"أي حد عايز يدخل عداد كهرباء أو مياه في الوحدات الهيئة تتعنت معه وفِي مشاكل كثيرة ونريد لها حل، كذلك الحال في أملاك الأوقاف في العموديات والعزب فإن الهيئة لا تقدم تسهيلات في الإجراءات الخاصة بالايجارات أو البيع. ليرد مسئولى الهيئة، بأن الشغل الشاغل لوزير الأوقاف هو حصر أملاك الأوقاف وتم ضم ذلك في أطلس علي مستوي الجمهورية، وأوضحوا أن نزع ملكية الأوقاف للمنفعة العامة مثل مراكز الشباب متاح. ليُعقب عصام الفقي، متسائلًا: هل تم الانتهاء من الحصر؟ قال ممثلو هيئة الأوقاف: "نعم سلمنا 11 منطقة من أصل 25 منطقة بالجمهورية وقربنا علي الانتهاء من البقية قريبًا".