بمجرد أن أدى الدكتور محمد مرسى، رئيس الجمهورية، اليمين الدستورية رئيسا للجمهورية بثت جامعة النيل فيديو للرئيس يعد فيه بحل مشكلة الجامعة وإنهاء الأزمة القائمة بينها وبين مؤسسة زويل. وحمّلت إدارة الجامعة فيديو الزيارة التى قام بها للقرية الذكية قبل جولة الإعادة بيومين لتذكيره بوعوده للجامعة، كما نشرت الإدارة فيديو زيارة الرئيس على موقعها لتأكيد أن مشروع الجامعة لن يهدم وستستمر الدراسة بها. وفندت الجامعة تصريحات رئيس الجمهورية بشأن الأزمة القائمة بينها وبين مؤسسة زويل، وقالت، وفقا للفيديو المسجل للزيارة: "وعد الدكتور محمد مرسي، رئيس الجمهورية، بحل مشكلة جامعة النيل في أقرب وقت ممكن، مؤكداً أنه لا يوجد تشريع صدر عن البرلمان بشأن مدينة الدكتور زويل". وأوضحت مصادر بالقرية الذكية أن الرئيس أكد أنه سيتم إيجاد حل عادل لمشكلة جامعة النيل مع الدكتور أحمد زويل، أثناء زيارته للقرية قبل يومين من إجراء انتخابات الجولة الثانية. وأكدت الجامعة أن الرئيس قال بالنص "إن الدكتور طارق خليل رئيس جامعة النيل قابلنى وأنا رئيس لحزب الحرية والعدالة، وأعلم مشروع جامعة النيل جيدا والمشكلة المتعلقة به، فالأمر يحتاج برمته إلى إعادة تدقيق فيما جرى، لأن جامعة النيل بها طلاب وأعضاء هيئة تدريس ممتازين". وأصدرت جامعة النيل بيانا صحفيا ذكرت فيه أن الدكتور محمد مرسي قال "إن لدينا متسعا من الوقت لعلاج المشكلة، وإن لدى مصر متسعا من الأراضى ليقيم كل من يريد مشروعه لخدمة مصر، فمجال التعليم من المحبب أن يتنافس فيه الجميع، ولا يجب أن يزاحم الناس بعضهم بعضا فيه". وأوضح الدكتور مرسى أنه لا توجد تشريعات صدرت عن البرلمان بشأن مدينة الدكتور زويل ولن يصدر تشريع إلا إذا اتفق أطراف المشكلة، ولن يعطى التشريع حين يصدر حقا لأحد لا يستحقه أو يحرم أحدا من حق يستحقه. وأكد مرسى أنه يمكن حل الموضوع بلا أى مشاكل شريطة إبداء حسن النوايا، مضيفاً أن مشروع زويل مهم ومشروع جامعة النيل مهم والوضع الراهن مؤقت ولا يجب أن يدوم لكليهما بحيث نتيح لكل من المشروعين فرصة الازدهار بشكل مستقر، وشدد فى نهاية حديثه على أنه لا يجب أن يبنى أحد على أنقاض بناء آخرين، وأن حل النزاع سيتم باتفاق الكل.