أكدت وزارة الزراعة واستصلاح الأراضى أن هناك عددا من المشكلات تواجه صادرات المنتجات الزراعية، منها المشاكل المرتبطة بالإنتاج، وانخفاض جودة المنتج، وعدم الالتزام بالمواصفات القياسية الدولية، وعدم استخدام تكنولوجيا الإنتاج المتطور، واختلاف الممارسات الإنتاجية التى تتبع فى المزارع سواء كانت الصغيرة أو الكبيرة، ما أدى إلى افتقار المحصول إلى التجانس. وقالت الوزارة، في تقرير لها، إن من ضمن المعوقات التى تهدد تراجع التصدير الزراعى استخدام شتلات رديئة فى الزراعة، ما يؤدى إلى عدم مطابقة الرسائل للمواصفات واشتراطات الصحة النباتية، وتعدد الأمراض والحشرات والقوارض التى تصيب المحصول، وعدم استخدام طرق المكافحة الحيوية وارتفاع تكاليف الإنتاج والتسويق، وعدم وجود تخطيط استراتيجى للإنتاج من أجل التصدير. وأضاف التقرير أن رداءة العبوات وعدم مناسبتها، وارتفاع تكلفة إعداد وتجهيز المحصول للتصدير وعدم دقة البيانات المسجلة على العبوات، وتعدد وتعقيد الإجراءات المتعلقة بالموافقات والحجز، عدم وجود قاعدة بيانات معلوماتية وإحصائية تخدم المصدرين، وعدم توفر أسواق تصديرية جديدة، وعدم توفير البنية الأساسية اللازمة لميلاد نظام تسويقى كفء، من أبرز المشاكل أيضا.