انتقد المستشار "محمد شيرين فهمي" إجراءات الإطلاع على الوثائق السرية الموجهة لرئاسة الجمهورية في تلك الفترة، حيث علق المستشار على إحدى نقاط شهادة الشاهد في قضية "التخابر مع قطر" بأن أسرارًا تتعلق بدولة في حجم مصر يجب تدوين اسم كل من يطلع عليها واصفاً ذلك ب"السقطة". وأشار الشاهد في قضية "التخابر مع قطر"، رئيس ديوان رئيس الجمهورية السابق إلى أن الموضوعات العسكرية المرسلة للرئاسة تٌرسل الى المستشار العسكري لرئيس الجمهورية وهو قائد الحرس الجمهوري، إلا ما يتم إرسالها بإسم "رئيس الجمهورية " فيتم إرسالها مباشرة الى مكتب رئيس الجمهورية . وكان "مصطفى طلعت الشافعي" قد لفت في شهادته بأن المراسلات الموجهة لرئيس الجمهورية مباشرة في عهد مرسي كان يستلمها مكتب رئيس الجمهورية أما في عهود سابقة كان يتولى تلك المسئولية سكرتارية الرئيس .