أكد الشاهد الثالث في قضية "التخابر مع قطر" ان هناك بعض الشخصيات لا يخضعون للتفتيش أثناء الخروج من مؤسسة الرئاسة نظراً لطبيعتهم الخاصة،ومنهم مدير مكتبه والسكرتارية فضلاً عن شخصيات أخري منها رئيس ديوان الجمهورية وكبير الياوران. وعن التعامل مع المسئولين من الوزراء والأجهزة السيادسة الراغبين في لقاء الرئيس أكد الشاهد والذي يعمل في أمن رئاسة الجمهورية أن التفتيش يكون وقائيا للبحث عن اية متفجرات ولا يتم تسجيل المستندات التي بحوزتهم على بوابة الرئاسة فى المستندات الواردة. وأجاب الشاهد عن سؤال المحكمة بشأن القواعد الخاصة بكيفية التصرف مع المستندات المعروضة على رئيس الجمهورية بالتأكيد انه هناك قواعد عامة لحفظ وإعدام المستندات، موضحاً بأنه يتم تشكيل لجان قانونية تستلم هذه المستندات وتقوم بكتابة التصرف النهائي مع هذا المستند هلى تم حفظه وفي عهدة من أو تم إعدامها عن طريق الفرم على سبيل المثال . وتابع بأن ما يٌراد حفظه من مستندات واردة لرئاسة الجمهورية يخضع لقواعد تأمينية عالية ويتم حفظها في خزانات حديدية، و بأن اللجان القانونية المشار اليها تقوم بتحديد فترة تخزين المستند ضارباً مثال بأنها تقرر غالباً أن يكون الحفظ لخمسة سنوات ومن ثم تقرر إعدامها لفقدانها أهميتها . وأسندت النيابة إلى الرئيس المعزول محمد مرسي وبقية المتهمين اتهامات عديدة، من بينها ارتكاب جرائم الحصول على سر من أسرار الدفاع، واختلاس الوثائق والمستندات الصادرة من الجهات السيادية للبلاد والمتعلقة بأمن الدولة وإخفائها وإفشائها إلى دولة أجنبية والتخابر معها بقصد الإضرار بمركز البلاد الحربي والسياسي والدبلوماسي والاقتصادي وبمصالحها القومية. كما نسبت النيابة للمتهمين طلب أموال ممن يعلمون لمصلحة دولة أجنبية، بقصد ارتكاب عمل ضار بمصلحة البلاد، والاشتراك في اتفاق جنائي الغرض منه ارتكاب الجرائم السابقة، وتولي قيادة والانضمام لجماعة إرهابية تأسست على خلاف أحكام القانون الغرض منها الدعوة إلى تعطيل أحكام الدستور والقوانين ومنع مؤسسات الدولة والسلطات العامة من ممارسة أعمالها والاعتداء على الحريات.