أعلنت وزارة التعليم العالي أنه سيتم دمج الطلاب الباحثين بجامعة النيل في مدينة زويل للعلوم، اعتبارًا من نهاية 2011. وقالت الوزارة، في بيان لها الأربعاء، إنه تقرر الاستفادة من الباحثين الذين يعملون حاليا بالجامعة، للعمل بمعهد النانو والمعلوماتية بمدينة زويل للعلوم والتكنولوجيا. وأكد البيان أنه سيتم السماح لطلاب البكالوريوس بالجامعة، بالالتحاق بجامعة زويل في الشيخ زايد لاستكمال دراستهم اعتبارًا من سبمتبر 2012. وأشارت الوزارة إلى أن هذا القرار جاء نتيجة لاجتماع ممثلي جامعة النيل مع الدكتور أحمد زويل، رئيس مجلس أمناء مدينة زويل للعلوم، للحفاظ على مستقبل طلاب الجامعة.
وتقرر أن تبدأ العملية التنفيذية لهذا التكامل عقب الانتهاء من تقييم الوضع المالي للباحثين والمشروعات البحثية القائمة بجامعة النيل، وفقًا للمعايير الدولية المتبعة في مدينة زويل. وكان طلاب الجامعة قد رفضوا هدم مشروع الجامعة وشككوا في نوايا الدكتور زويل، كما اتهموا القائمين على مشروع زويل بسرقة ماكيت الجامعة لصالح المدينة.