أكد أيمن الظواهري، زعيم تنظيم القاعدة، أن "أسامة بن لادن كان عضوا في تنظيم الإخوان المسلمين، وأن التنظيم هو الذي أرسله إلى باكستان عندما وقع الغزو السوفييتي في مهمة محددة، وهى توصيل الدعم للجماعة الإسلامية الموجودة هناك، وكانت تعليمات التنظيم إليه ألا يدخل أفغانستان ولكن أسامة خالف الأوامر". ويظهر الظواهري في التسجيل الذي أصدرته مؤسسة السحاب التابعة لتنظيم "للقاعدة" وهو يروي أسرار لقاء خاص جرى في بيشاور وجمع بين أسامة بن لادن ومصطفى مشهور، مرشد جماعة الإخوان.