تسبب د. محمد إبراهيم وزير الآثار فى غضب واستياء العاملين بمتحف الحضارة وصندوق النوبة الذين قالوا أنه استغل سلطاته في الحصول على أكثر من 150 مليون جنيه من أموال وموارد الصندوق لصالح مشروعات وبنود أخرى، ما يهدد بتوقف العمل في متحف الحضارة الذي يعد أكبر مشروع ثقافي بالشرق الأوسط. كان وزير الآثار قد أرسل إلى وزارة المالية خطابا رقم "2066" بتاريخ 5 مارس الحالي طالب الموافقة على قيام صندوق إنفاذ آثار النوبة بتدعيم أرصدة صندوق تمويل الآثار والمتاحف بالمجلس الأعلى للآثار بمبلغ 100 مليون جنيه حتى يتمكن من صرف رواتب العاملين وما في حكمها، علي أن يلتزم المجلس بسداد هذا المبلغ لصندوق إنقاذ آثار النوبة من موارده الذاتية حال تحققها. وفي ردها قالت وزارة المالية: "فى حالة إن مبلغ 350 مليون جنيه السابق منحه للمجلس كتسهيل ائتماني من المالية قد قارب على النفاد فإن وزارة المالية توافق علي قيام صندوق إنقاذ آثار النوبة بتدعيم أرصدة صندوق تمويل الآثار والمتاحف بالمجلس الأعلى للآثار بمبلغ 100 مليون جنيه من الأرصدة المرحلة". من جانبهم اكد العاملون بمتحف الحضارة وصندوق إنقاذ آثار النوبة أن الوزير خلال الاجتماع بهم منذ أيام أخبرهم أنه سيسحب ال 100 مليون جنيه لصالح مشروعات منها المتحف المصري الكبير - رغم أن اليابان تموله - ومتحف شرم الشيخ ومتحف الصحراء بالداخلة التي يوجد بها حاليًا متحف لا يزوره احد. وأشاروا إلى ان هناك اتفاقية تنص على تمويل إنشاء المتحف القومي للحضارة المصرية بنسبة 40% من صندوق إنقاذ آثار النوبة المستقل ماليا وإداريا عن الوزارة و60% من قطاع التمويل بالمجلس الأعلى للآثار، ورغم ذلك لم يسدد قطاع التمويل حصته بمشروع متحف الحضارة التى سوف تبلغ مع نهاية العام المالي بشهر يونيو القادم لمديونية قدرها 150 مليون جنيه، ويصبح صندوق النوبة بعد ذلك مديون بحوالي 26 مليون جنيه للشركات المنفذة للمشروع. وأوضحوا أن ذلك يهدد المشروع بالتوقف ويخالف كل الاتفاقيات الدولية التي تمت ويمثل إهدارًا للمال العام خاصة أنه أوشك على الانتهاء ولا يبقى أمامه سوى أشهر معدودة حيث تكلفة إنشائه حتى الآن 500 مليون جنيه على مساحة 33 فدانا وسيصل فى النهاية الى 70 فدانا الأمر الذي يعد إنجازا فى حد ذاته.