أبدت نقابة الأطباء استياءها الشديد من اتفاقية التعاون الأكاديمي بين الجامعات الحكومية والخاصة لطلبة الدراسات العليا بكليات الطب, والتي تتلخص في أنه بدلًا من رفع أسعار تكلفة مصروفات الدراسات العليا في الكليات الحكومية، يتم لجوء تلك الكليات إلى الجامعات الخاصة، على أن يعقد بينهما اتفاق تعاون بأن يتقدم الطبيب إلى الدراسات العليا بالكليات الخاصة بمصروفات سنوية خرافية، ثم يمتحن بإحدى الجامعات الحكومية، وتحصل الجامعة الحكومية مقابل ذلك على جزء من تلك المصروفات. ورفضت نقابة الأطباء تلك الاتفاقية، مؤكدة أنها خصخصة للدراسات العليا، خاصة أن الجامعات الحكومية بدأت تتعسف مع الكثير من الأطباء الذين تقدموا للحصول على الدراسات العليا من تلك الجامعات الحكومية، وأصدرت النقابة بيانًا، خاطبت من خلاله الدكتور أشرف حاتم، أمين عام المجلس الأعلى للجامعات، تطالبه بعدم السماح بتحويل أماكن الدراسات العليا المحدودة بكليات الطب الحكومية لاتفاقيات تعاون مع جامعات خاصة، لا تملك كليات الطب بها مقومات الدخول في مجال الدراسات العليا، كما طالبت النقابة بتشكيل لجنة مشتركة من أساتذة كليات الطب أعضاء المجلس الأعلى للجامعات وشيوخ المهنة وأعضاء من النقابة؛ للاطمئنان على المستوى التدريبي والتعليمي بكليات الطب الخاصة، سواء للدراسات العليا أو للبكالوريوس. كانت المشكلة قد طرحت للنقاش منذ أكثر من عام، ورفضت النقابة وقتها هذه الاتفاقات بشكل واضح، وأصدرت قرارًا بعدم الاعتراف بالشهادات التي تمنح للدارسين بناء على الاتفاقات، التي تتسبب في المزيد من تقليص فرص الدراسات العليا بكليات الطب الحكومية. وعلقت الدكتورة مني مينا، وكيل نقابة الأطباء بقولها إن هذا التعاون جاء بدلًا من رفع أسعار الدراسات العليا بالجامعات الحكومية بشكل ملحوظ، ووصفته بأنه تحايل علي الأطباء، وهو ما يتضح من خلال موافقة الجامعة على الطبيب الذي يتقدم عن طريق ذلك البروتوكول، ورفض الطبيب الذي يتقدم إلى نفس الجامعة الحكومية بمصاريف أقل. وكشفت أن الجامعات الحكومية تأخذ نصيبها من ذلك البروتوكول، وتغلق أبوابها في وجوه الأطباء الذين ليس لديهم إمكانيات مادية للتقدم للدراسات العليا بالجامعات الخاصة، التي تعتبر مصروفاتها خرافية, مؤكدة تواصل نقابة الأطباء مع المجلس الأعلى للجامعات؛ لرفض ذلك البروتوكول. وأكدت الدكتورة ريهام إكرام، عضو مجلس نقابة الأطباء، أن هذا التعاون ليس إلا خصخصة للدراسات العليا لخريجي كليات الطب, مضيفة ل "البديل "أن معظم الأطباء ليس لديهم إمكانيات مادية للتقدم إلى الدراسات العليا بالجامعات الخاصة، التي تتكلف آلاف الجنيهات؛ مما يعتبر خصخصة واضحة للدراسات العليا الفترة القادمة, موضحة أن هذا سيؤثر سلبًا على المريض؛ لأن هذا البروتوكول لن يمكن جميع الأطباء من استكمال مشوارهم الدراسي؛ ومن ثم ينعكس على المرضى.