بعد صدور القرار الجمهوري بتشكيل المجلس الاستشاري العلمي للرئيس عبد الفتاح السيسي، الذي ضم نخبة من علماء وخبراء مصر في مختلف التخصصات، لم يكتف السيسي بمستشار أو اثتين للأمن القومي، حيث اقترح أن يكون هناك مجلس استشاري كامل للأمن القومي. وقد ترددت أنباء عن اختيار كل من اللواء أحمد جمال الدين وزير الداخلية الأسبق واللواء مراد موافي،مدير جهاز المخابرات العامة المصرية السابق، وعدد من القيادات الأمنية، التى يدور حولها الكثير من الشكوك، لتورطهم في قضايا ضد الحريات. وعن ذلك قال في البداية محمود فرج القيادي باتحاد شباب الثورة، إن تشكيل مجلس مختص للأمن القومي لمساعدة السيسي هو أمر ضروري، لكن أهميته تتوقف على أهدافه والمهام المحددة له، مشيرًا إلى أن المجلس الاستشاري للرئيس يتم اختياره دائمًا من أفضل النخب في هذا المجال. وأكد "فرج" أن الأسماء المطروحة سواء أحمد جمال الدين أو مراد موافي، محسوبون على رجال النظام الأسبق، موضحًا أن أحمد جمال الدين كان وزير الداخلية في عهد مرسي وهو صاحب ما حدث في الاتحادية وكثير من أحداث العنف في عهد الإخوان، أما مراد موافي فهو رجل من رجال مبارك. وتابع:"المجلس الاستشاري الجديد عليه أن يكون معبرا عن الثورة ويعمل على أهدافها أو يتواصل مع القوى الثورية ويحقق أهدافها". من جانبه قال مصطفى وهبة، القيادي بالجمعية الوطنية للتغيير، إن عمل مجلس متخصص لشئون الأمن القومي ليس أمرًا ذا أهمية قوية لأن جهاز الأمن القومي قادر على التعامل مع الإرهاب وحل كل المشكلات التى تتعلق بالأمن. وأكد "وهبة"، أن استحداث مستشارين للأمن القومي الداخلي أو الخارجي، لابد أن يكون وفقًا للائحة معينة بالاتفاق مع رئيس الجمهورية، وأن تكون تلك اللائحة والاختصاصات معلنة للشعب وليس بشكل سري، وهى خطوة احترازية، حتى لا يتفاجأ القوى السياسية بقرارات قمعية. ومن الناحية السياسية قال دكتور محمود سلمان، أستاذ العلوم السياسية بجامعة القاهرة، إن إنشاء مجلس استشاري للأمن في مصر، في الوقت الحالي أمر ضروري، خاصة لمحاربة الإرهاب الداخلي أو الخارجي، واستشارته حين وجود مندوبين أجانب، مثلما كان لقاء كيري مع السيسي أمس. وأكد "سلمان"، أن اقتراح أسماء لهذا المكان لابد أن تكون عملت في الداخلية قبل ذلك، وكل قيادات الداخلية السابقة أو الحالية في نظر القوى السياسية يشوبها الجدل، لارتباطهم بأحداث لها صلة بالحريات، موضحًا أن هذا المجلس سيكون لأمور الإرهاب وليس له علاقة بالقوى السياسية.