تسببت تصريحات رئيس جامعة الأزهر السابق الدكتور أحمد حسنى التى اعتبر فيها الباحث إسلام بحيرى مرتدًا عن الإسلام فى إقالته من منصبه، تلك التصريحات التى أثارت كثيرًا من الجدل واستنكرتها مشيخة الأزهر، على اعتبار أن الخروج عن الملة ليس مجالًا للفتاوى، ومن هذا المنطلق استنكرت مشيخة الأزهر تصريحات رئيس الجامعة المقال بعد تصريحاته فى أحد البرامج الحوارية، وكلف الإمام الأكبر الدكتور/ أحمد الطيب ، الدكتور/ محمد المحرصاوى القائم بأعمال رئيس جامعة الأزهر خلفًا للدكتور أحمد حسنى بعد إثارته للرآى العام وعلى إثرها اعتذر حسنى عن الرد الخاطئ والمتسرع واصفًا كلامه بأنه خطأ شخصى، لا يمثل الأزهر ولا يعبر عن منهجه، وتنظرها الجامعة رئيسها القادم الذى تم ترشيحة لرئاسة الجمهورية من قبل المشيخة للتصديق عليه. وفى تصريحات ل«الأسبوع» قال الدكتور محمد عبدالعاطى عباس عميد كلية الدراسات الإسلامية بجامعة الأزهر: ربما يكون للإمام الأكبر رأيه بأنه من الأفضل فى تلك الفترة الحرجة التى يمر بها الأزهر أن يكون هناك استقرار وإعادة ترتيب للجامعة، ويعد الدكتور المحرصاوى من الشخصيات المرموقة وقد أحسن الإمام صنعًا بتعينيه قائمًا بالاعمال فى هذا التوقيت بالذات فهناك حالة قبول لتوليه الجامعة. وأشار د. عبدالعاطى إلى أن رئيس الجامعة المقال سبقه لسانه وتكلم فى أمر يعبر عن شخصيته فقط، ولا يعبر عن منهج الأزهر الشريف، ودفعه ذلك لوصف مسلم بأنه مرتد وبعد ما عرض الأمر على نفسه تبين أنه أخطأ فى هذا وكانت لديه شجاعة الاعتراف بالخطأ واعتذر. وأكد د. عبدالعاطى أن الأزهر منهجه لا يكفر أحدًا من أهل القبلة، إلا إذا جحد أمرًا معلومًا من الدين بالضرورة وجحد ما أدخله فى الإسلام ، فالأزهر لا يكفر أحدًا، ويرى الأزهر أن الحكم بالتكفير على البشر إنما هو من سلطة القضاء وليس الأفراد، موضحًا أن الرجل إذا صدر منه ما يحتمل الكفر من 99 وجهًا ويحتمل الإيمان لأن الخطأ فى أن ينتسب أحد إلى الإسلام وهو ليس كذلك أفضل من الخطأ فى إخراجه من الإسلام. د. عبدالعاطى اختتم تصريحاته بأن الإمام الأكبر ضد التكفير جملة وتفصيلًا ومنهج الأزهر ضد التكفير، وعليه فإن قرار الإمام الأكبر بإقالة رئيس الجامعة دليل قاطع على أن الذى يقود الأزهر شيخ حكيم وعالم جليل يحافظ على منهج الأزهر ووسطيته.