د. أحمد الطيب أكد الدكتور محيي الدين عفيفي الأمين العام لمجمع البحوث الإسلامية ان هناك محاولات لتشويه الازهر في عيون المصريين عبر اتهامه بوجود قيادات إخوانية به وأن مناهجه لا تتفق مع الواقع وبها تشدد او أنه لا يرحب بالنقد ويعادي حرية الإبداع. وقال إن الأزهر يرحب بأي نقد إيجابي ولكنه يستاء من الأسلوب الهمجي وأن المناهج الأزهرية لها سمات ومعالم مرتبطة بالتراث وبأصول الإسلام ويجري تطويرها، ولا يمكن للأزهر أن يعيش في قطيعة مع التراث الإسلامي إذ لا توجد أمة تنسلخ من تراثها. وأوضح ان الأزهر علي مر تاريخه لم يكفر أحدا ولم يجعل من نفسه مبعوث العناية الإلهية وهو لا يستطيع ان يكفر أحدا وأن قياداته ليس فيها إخواني واحد وإنما مخلصون يواصلون الليل بالنهار في عملهم وأنه لولا المواقف الوطنية للقوات المسلحة لكان حال مصر مثل ليبيا أو سوريا. وأضاف عفيفي إذا أردنا أن نعرف قيمة الأزهر الحقيقية فلننظر إليه بعيون غير المصريين. ونفي فضيلة الدكتور محيي الدين عفيفي أن يكون الأزهر رافضاً للنقد الذي يوجه إليه، مؤكداً أنه لا عصمة لأحد بعد رسول الله صلي الله عليه وسلم، فالأزهر الشريف ليس فوق النقد ولكن هناك أدبيات يجب أن تكون في هذا النقد. من جهة أخري استنكر عدد من كليات جامعة الأزهر تحدث د. حسين عويضة القائم بأعمال رئيس نادي أعضاء هيئة التدريس بالازهر باسمها وتصريحه مؤخرا بأنه يوجد بمشيخة الازهر من لا يستحق البقاء بها من الهيئات المعاونة لفضيلة الإمام الأكبر شيخ الأزهر.. وأكدت الجامعة ان ما ذكره عويضة لا يعبر إلا عن قائله وأنَّ الصوت الرسمي الذي يُعبِّر عن الجامعة وكلياتها هو مجلس الجامعة فقط.. وأوضحت انه منذ صدور هذا البيان وبرقيات التأييد للإمام الأكبر شيخ الأزهر ورموز الأزهر الشريف وقياداته لم تنقطع من كافَّة مجالس كليات الجامعة. . هذا وقد قام الدكتور محمد مختار جمعة وزير الأوقاف بزيارة للإمام الأكبر بمشيخة الأزهر أكد بعدها أن شيخ الأزهر قيمة وقامة ورمز للسماحة والوسطية. ومن ناحية أخري قررت مديرية الأوقاف بالمنيا برئاسة الشيخ محمد محمود أبوحطب وكيل وزارة الأوقاف وقف اثنين من الائمة عن العمل لاتهامهما بنشر فكر منحرف ومضلل يسمي بالفكر المدخلي.. تم نقلهما بعيدا عن العمل الدعوي ومنعهما من إلقاء الخطب واحالتهما إلي التحقيق.
