نشأت جماعة الإخوان المسلمين في الإسماعيلية برئاسة الشيخ حسن البنا عام 1928م كجمعية دينية تهدف إلى التمسك بالدين وأخلاقياته وفى عام 1932م انتقل نشاط الجماعة إلى القاهرة ولم يبدأ نشاط الجماعة السياسي إلا في عام 1938م. عرضت الجماعة حلا إسلاميا لكافة المشاكل الاجتماعية والاقتصادية التي تعانى منها البلاد في ذلك الوقت واتفقت مع مصر الفتاة في رفض الدستور والنظام النيابى على أساس أن دستور الأمة هو القرآن كما أبرزت الجماعة مفهوم القومية الإسلامية كبديل للقومية المصرية.

وحددت الجماعة أهدافها السياسية في أن يتحرر الوطن الإسلامي من كل سلطان أجنبى وذلك حق طبيعى لا ينكره إلا ظالم جائر ومستبد قاهر، وأن تقوم في هذا الوطن الحر دولة إسلامية حرة تعمل بأحكام الإسلام وتطبق نظامه الاجتماعى وتعلن دعوته الحكيمة للناس.

وفي ثلاثينيات القرن العشرين، زاد التفاعل الاجتماعي والسياسي للاخوان المسلمين وأصبحوا في عداد التيارات المؤثرة سياسياً واجتماعياً. وفي عام 1942 وخلال الحرب العالمية الثانية عمل الإخوان على نشر فكرهم في كل من شرق الأردن وفلسطين، كما قام الفرع السوري بالانتقال إلى العاصمة دمشق في عام 1944.

وبعد الحرب العالمية الثانية، قام الإخوان المسلمون بالمشاركة في حرب 1948 لتحرير فلسطين بكتائب انطلقت من كل من مصر بقيادة البطل أحمد عبد العزيز والصاغ محمود لبيب والشيخ محمد فرغلي وسعيد رمضان ومن سوريا بقيادة مصطفي السباعي ومن الأردن بقيادة عبد اللطيف أبو قورة وكامل الشريف ومن العراق بقيادة محمد محمود الصواف وفلسطين.
وحلت الجماعة في أعقاب عودة مقاتليها من حرب فلسطين من قبل محمود فهمي النقراشي رئيس الوزراء المصري آنذاك، بتهمة "التحريض والعمل ضد أمن الدولة". ولاحقا اغتيل محمود فهمي النقراشي.

وقد أدان الإخوان قتل النقراشي وتبرؤوا من القتلة بعدما قال البنا مقولته الشهيرة علي القتلة "ليسوا إخوانا، وليسوا مسلمين".
وكان الذي قام بهذا العمل طالبا بكلية الطب البيطري بجامعة فؤاد الأول بالقاهرة، اسمه "عبد المجيد حسن" أحد طلاب الإخوان الذي قُبض عليه في الحال، وأودع السجن، وقد ارتكب فعلته، وهو يرتدي زي ضابط شرطة، لهذا لم يُشَك فيه حين دخل وزارة الداخلية، وتربصّ بالنقراشي، لإطلاق النار عليه. وبعد اغتيال النقراشي بعدة أشهر، تم اغتيال مؤسس الجماعة حسن البنا مساء السبت 12 فبراير 1949م.

الإخوان المسلمون والعمل السياسي
منذ نشأة الجماعة وضع حسن البنا الأسس للعمل السياسي للإخوان، فهم ليسوا مجرد جماعة دعوية دينية فقط ولكنهم أيضا هيئة سياسية نتيجة لفهمهم العام للإسلام ، وأن مشاركتهم السياسية تأتي من منطلق الإصلاح في الأمة وتطبيق تعاليم الإسلام وأحكامه.

عبد الناصر..والصدام
في بداية ثورة 23 يوليو ساند الإخوان الثورة والتي قام بها تنظيم الضباط الأحرار في مصر وكانوا الهيئة المدنية الوحيدة التي كانت تعلم بموعد قيام الثورة وكانت القوة الشعبية الوحيدة التي كان يعتمد عليها ضباط الجيش لتأمين الدولة ومواجهة الإنجليز.

وكان التنظيم يضم عددا كبيرا من الضباط المنتمين للإخوان،حيث كان تنظيم الضباط الأحرار يضم جميع الاتجاهات والأفكار السياسية من ضباط الجيش المصري وقتها، كما أن مجلس قيادة الثورة قد أصدر قراراً بحل جميع الأحزاب السياسية في البلاد مستثنياً جماعة الإخوان المسلمين لكونها كانت تقدم نفسها "كجماعة دينية دعوية" حسب رأي الكاتب اليمني أحمد الحبيشي أن الأخطار الذي قام المرشد العام وقتها حسن الهضيبي بتقديمه لوزير الداخلية سليمان حافظ شخصياً تضمن: «أن الاخوان جمعية دينية دعوية، وأن أعضاءها وتكويناتها وأنصارها لا يعملون في المجال السياسي، ولا يسعون لتحقيق أهدافهم عن طريق أسباب الحكم كالانتخابات.

وفي يناير 1953 بعد صدور قانون حل الأحزاب في مصر حضر لمجلس قيادة الثورة وفد من الإخوان المسلمين ضم الصاغ صلاح شادي والمحامي منير الدولة ليقولا لعبد الناصر "..الآن وبعد حل الأحزاب لم يبق من مؤيد للثورة إلا جماعة الإخوان ولهذا فانهم يجب أن يكونوا في وضع يليق بدورهم وبحاجة الثورة لهم." ليرفض عبد الناصر المطلب بدعوى أن الثورة ليست في محنة أو أزمة لكنه سألهما عن المطلوب لاستمرار تأييدهم للثورة، فأجابا: «اننا نطالب بعرض كافة القوانين والقرارات التي سيتخذها مجلس قيادة الثورة قبل صدورها على مكتب الإرشاد لمراجعتها من ناحية مدى تطابقها مع شرع الله والموافقة عليها.. وهذا هو سبيلنا لتأييدكم إذا أردتم التأييد.» وقام جمال عبد الناصر برفض الأمر قائلا: «لقد قلت للمرشد في وقت سابق إن الثورة لا تقبل أي وصاية من الكنيسة أو ما شابهها.. وانني أكررها اليوم مرة أخرى.

وبعد فترة هدوء اصطدم الرئيس جمال عبد الناصر ومعه مجموعة من الضباط ببعض قيادات الضباط الأحرار الذين كان من رأيهم أن الضباط دورهم انتهى بخلع الملك ويجب تسليم البلد لحكومة مدنية وإعادة الحياة النيابية وكان منهم محمد نجيب رئيس الجمهورية الذي تم عزله وخالد محيي الدين الذي تم نفيه إلى النمسا.

كما اصطدم الرئيس جمال عبد الناصر بالإخوان صداما شديدا نتيجة لمطالبة الإخوان لضباط الثورة العودة للثكنات وإعادة الحياة النيابية للبلاد،مما أدى إلى اعتقال عدد كبير منهم بعد محاولة أحد المنتمين إلى الجماعة اغتيال عبد الناصر في ميدان المنشية بالإسكندرية في 26 أكتوبر 1954، ما أدى لإصابة بعض الحضور بينهم وزير سوداني.

وتعتبر جماعة الإخوان المسلمين محظورة منذ ذاك العام، إلا أن السلطات تتسامح مع نشاط لها "في حدود"، ويعتبر الإخوان أن هذه الحادثة كانت مسرحية من قبل عبد الناصر للقضاء علي آخر معارضية وهم الإخوان، وتم اعدام عدد من قيادات الجماعة المؤثرة مثل الدكتور عبد القادر عودة وهو فقيه دستوري واستاذ جامعي.

كما تم إعدام الشيخ محمد فرغلي وهو من علماء الأزهر وقد رشح ليكون شيخاً للأزهر في فترة حكم جمال عبد الناصر ولكنه رفض،ووفقاً للأرقام الرسمية فإن 55 من الاخوان المسلمين لقوا حتفهم في تلك الاعتقالات غير المفقودين.

وفي 1964، قام جمال عبدالناصر باعتقال من تم الإفراج عنهم من الإخوان مرة أخرى، وبالأخص سيد قطب وغيرهم من قيادات الإخوان، بدعوي اكتشاف مؤامرتهم لاغتياله وأعدم سيد قطب مفكر الجماعة في عام 1966 ومعه خمسة من قيادات الإخوان وذاق الاخوان خلال تلك الفترة أنواع من التنكيل والتعذيب داخل السجون مما أدى إلى مقتل ما يقرب من 350 إخوانيا جراء التعذيب،وكانت مصر تخضع للحكم الشمولي وقتها.

السادات..والمصالحة

وبعد أن خلف الرئيس السادات جمال عبدالناصر رئاسة الجمهورية، وعد الرئيس السادات بتبني سياسة مصالحة مع القوى السياسية المصرية فتم إغلاق السجون والمعتقلات التي انشأت في عهد جمال عبد الناصر واجراء إصلاحات سياسية مما بعث بالطمأنينة في نفوس الاخوان وغيرهم من القوى السياسية المصرية تعززت بعد حرب أكتوبر 1973 حيث أعطي السادات لهم مساحة من الحرية لم تستمر طويلاً ولاسيما بعد تبنيه سياسات الانفتاح الاقتصادي، وبعد إبرامه معاهدة السلام مع إسرائيل في عام 1977، شهدت مصر في تلك الفترة حركات معارضة شديدة لسياسات السادات حتى تم اعتقال عدد كبير من الإخوان والقوى السياسية الآخرى فيما سمي إجراءات التحفظ في سبتمبر 1981.

مبارك ..والمهادنة

بعد اغتيال السادات في أكتوبر 1981 خلفه حسني مبارك والذي اتبع في بدايات حكمه سياسة المصالحة والمهادنة مع جميع القوى السياسية ومنهم الإخوان، وفي التسعينيات ظهرت حركات معارضة لحكم مبارك، ومعارضة لاعتراف حكومة مبارك مثل حكومة السادات بالصلح مع كل الدول مثل أمريكا وروسيا وإسرائيل.

25 يناير..وأول حزب للجماعة

أسس الإخوان المسلمون في مصر حزب الحرية والعدالة يوم 6 يونيو 2011م وانتخب مجلس شورى الجماعة محمد مرسي رئيسا للحزب وعصام العريان نائبا له ومحمد سعد الكتاتني أمينًا عامًّا للحزب.
كما تم اختيار المفكر المسيحي رفيق حبيب نائبًا لرئيس الحزب.

وخاض الحزب أول انتخابات تشريعية بعد الثورة ضمن التحالف الديمقراطي من أجل مصر ونجح التحالف في الفوز بنحو 47% من مقاعد مجلس الشعب و59% من مقاعد مجلس الشورى،إلا إن المحكمة الدستورية العليا المصرية أصدرت في 14 يونيو 2012 حكمًا يقضي بعدم دستورية القانون الخاص بترشيح ثلث أعضاء البرلمان من المستقلين، مما أدى إلى حل البرلمان بالكامل.