كشف الدكتور ضياء رشوان الباحث في الحركات الإسلامية والخبير بمركز الأهرام للدراسات السياسية والإستراتجية عن وجود مفاوضات بين حركة طالبان والحكومة الأفغانية التي تنال دعم الولاياتالمتحدةالأمريكية على تسليم أيمن الظواهري الرجل الثاني في تنظيم القاعدة المتحالف مع طالبان مقابل المشاركة في حكومة ائتلافية وإنهاء الحرب الدائرة بينها وبين القوات الحكومية مؤكدا أن العلاقة بين طالبان والقاعدة أصبحت على المحك. وأضاف رشوان أن الولاياتالمتحدةالأمريكية تدعم هذه المفاوضات التي تتم برعاية سعودية وتريد لها أن تنتهي قبل انتهاء ولاية الرئيس الأمريكى جورج بوش الذي قاد ما يسمى بالحرب ضد الإرهاب حتى يكون هناك مكاسب لهذه الحرب قبل أن يغادر بوش البيت الأبيض. جاء ذلك ردا على الباحث الباكستانى بشير محمد بشير خلال المؤتمر الذي أقامه المركز الدولي للدراسات المستقبلية والإستراتجية بعنوان تنظيم القاعدة – التوجهات الحالية والمخاطر المستقبلية – ونفى رشوان وجود أية علاقة بين الجماعة الإسلامية في مصر وبين تنظيم القاعدة التي أنهت أعمال العنف ضد النظام في مصر منذ أوائل التسعينيات، كما نفى وجود أي دور حقيقي كبير ومؤثر لمصريين داخل القاعدة باستثناء القيادي أيمن الظواهري، كما أنه لا يوجد مصري واحد على قوائم الشخصيات الإرهابية التي تطلبها الولاياتالمتحدة. وقال رشوان إنه عندما تم سؤال أسامة بن لادن عن علاقة القاعدة بالجماعة الإسلامية قال إن لكل منهما منهجا مختلفا عن الآخر،ودلل على ذلك بأن معظم العمليات التي نفذتها القاعدة لم يشارك بها مصريون، وأن بن لادن نفسه لم يذكر عمر عبد الرحمن الزعيم الروحي للجماعة الإسلامية في أحاديثه إلا مرتين فقط. وأشار أنه لا يوجد أي دليل على أن المخابرات الإيرانية تمول القاعدة،لأن لكل منهما منهجا فكريا مختلفا، ونفى أن يكون للمخابرات الإيرانية علاقة بمقتل السفير المصري في بغداد كما ادعى ضابط المخابرات العراقية، لأن من أعلن عن مسؤليته هو أبو مصعب الزرقاوي ويستحيل أن يكون هناك اتفاق وتعامل بين الزرقاوي وإيران. وكان الباحث الباكستاني بشير محمد بشير قد اتهم إيران بتمويل القاعد وأكد الارتباط القوي بين طالبان والقاعدة. كما اتهم الدكتور محمود عاشور وكيل الأزهر السابق بعض القنوات الفضائية بالترويج والتحريض على الفكر المتطرف والإرهاب ، وأهاب بالعلماء أن يتقوا الله في دينهم وأن ينظروا ويدرسوا الإسلام وتعريفه للناس بما يعمق الإيمان بالدين الحق. وطالب بضرورة تدريس الدين بالمدارس والجامعات للسماح للطالب أن يتعرف على دينه في بدايات عمره مشيرا إلى الفتاوى الكثيرة والعديدة التي نسمعها الآن ، قائلا "إننا نحتاج إلى وقفة من جميع المسلمين وليس من الحكام في مواجهة هذا الفكر المضاد للإسلام"، منبها أن هناك تفسيرات خاطئة للإسلام ينبغى مواجهتها.