أجلت محكمة القضاء الإدارى الدائرة السادسة تعليم برئاسة المستشار أنور إبراهيم دعوى اهدار 2 مليار جنيه على الدولة بعد تحويل جامعة النيل من جامعة خاصة لجامعة اهلية لجلسة 5 يونيو/ حزيران 2011 لتقديم المستندات من الجهة الإدارية. وقدم مستشار هيئة قضايا الدولة احمد زيدان صورة ضوئية من قرار رئيس الجمهورية رقم 255 لسنة 2006 الخاص بإنشاء جامعة النيل، كما قدم صورة من محضر جلسة مجلس الجامعات الخاصة والاهلية رقم 12 فى 20 يناير/كانون الثانى 2011. وطلب د.بحيرى- مقيم الدعوى- من المحكمة التصريح باستخراج المستندات التى تثبت تحويل جامعة النيل من خاصة لاهلية من عدمه، وضمها لوزارة التعليم العالى. كان د.سيد بحيرى المحامى تقدم بدعوى قضائية امام محكمة القضاء الإدارى ضد كلا من وزير التعليم العالى السابق د.هانى هلال ورئيس الوزراء السابق د.احمد نظيف بصفته لتحويل جامعة النيل من جامعة خاصة لجامعة أهلية من أجل مصلحة الخاصة. وأوضحت الدعوى فى اسباب مخالفة القرار لاحكام القانون حيث ان جامعة النيل أنشات فى ظل القانون رقم 101 لسنة 1992 والذى تنص المادة الأولى منه على أنه يجوز انشاء جامعات خاصة تكون أغلب الاموال المشاركة فيها مملوكة لمصريين ولا يكون غرضها تحقيق الربح، كما تخالف الدعوى المادة الثانية التى تنص على ان يكون للجامعة شخصية اعتبارية يمثلها رئيسها امام الغير. كما أشارت الدعوى أنه من أجل عيون الجامعة والمؤسسين مرر قانون 12 لسنة 2009 والذى استحدث مسمى "الجامعات الاهلية" الغير هادفة للربح ،التى يجوز انشاءها بناء على طلب شخص طبيعى او شخص اعتبارى أو أى منهما بناء على قانون الجامعات. جدير بالذكر ان وزير التعليم العالى السابق د.هانى هلال كان قد صرح قبل اقالته بعد ازمة الجامعة بأن الجامعة ستتحول لجامعة حكومية.