حذر حزب التحالف الشعبي من وضع مؤسسة الأزهر الشريف لتكون مرجعية لتفسير مبادئ الشريعة الإسلامية بدلا من المحكمة الدستورية العليا طبقا لمقترح المادة الثانية للدستور الذي تم التوافق عليه مؤخرا. وأوضح الحزب، في بيان له اليوم الجمعة، أن المشرع المصري والمحكمة الدستورية في كل الأحوال عليهم مراجعة المصادر الشرعية لضمان عدم مخالفة المادة الثانية، واستشارة الأزهر الشريف والمؤسسات الدينية الأخرى عند سن القوانين أو الرقابة القضائية عليها في إطار تكامل الوظائف الاجتماعية والقانونية والدينية للنص القانوني. ورفض الحزب إضافة حق غير المسلمين من أصحاب الديانات السماوية في الاحتكام في مسائل الأحوال الشخصية لشرائعهم واختيار القيادات الدينية وكل ما يتعلق بالشئون الدينية للمادة الثانية المعدلة لانه يعيد إنتاج النظام الطوائفي ،لافتا إلى أن احتكام كل مواطن لشريعته أساسا أمر مكفول بالفعل تحت بند حرية العقيدة، ولا يوجد مبرر لهذه الاضافة اللهم الرغبة في ضياع التراث الفقهي الذي انتجته المحكمة الدستورية العليا بخصوص ضرورة المساواة بين المواطنين من الأديان المختلفة في الأمور التي لا تتصل بأصول العقيدة، على حد قول البيان. وأضاف الحزب "رأينا في مناقشات التأسيسية أيضا رغبة في التراجع عن نص المادة 46 من دستور 1971 "تكفل الدولة حرية العقيدة وحرية ممارسة الشعائر الدينية"، ليقصرها على أصحاب الديانات السماوية، وهو ما يعني إضفاء صبغة دستورية على اضطهاد المواطنين من غير المسلمين السنة واليهود والمسيحيين من كافة حقوقهم، وحرمانهم من حقوقهم المدنية المنصوص عليها في دساتير مصر السابقة والمواثيق الدولية". وأخيرا، فإن الحزب يرفض تعديل المادة الثانية والمادة السادسة والأربعين، كما يطالب بإضافة مادة إلى الدستور الجديد تمنع وتجرم بشكل صريح التمييز على اساس الدين والعرق والجنس والأصل الاجتماعي والرأي السياسي وغيرها، وتمكن المواطنين من استخدم القانون لمواجهة الطائفية والتمييز بكل أشكاله.