أقام عدد من المحامين الأقباط وعلي رأسهم المحامي ممدوح نخلة -رئيس مركز الكلمة لحقوق الإنسان- دعوي قضائية أمام محكمة القضاء الإداري ضد كل من رئيس الجمهورية واللواء مجدي أيوب محافظ قنا يطالبون فيها بإقالة أيوب ووقف تنفيذ قرار مبارك رقم 115 لسنة 2008 فيما تضمنه من إعادة تعيين مجدي أيوب محافظاً لقنا. قال المحامون في دعواهم إنه منذ تولي أيوب المنصب في 2 يناير 2006 لم يقم بأي إصلاحات داخل المحافظة ولم يقدم تقارير دورية إلي الوزير المختص بالإدارة المحلية عن نتائج الأعمال في مختلف الأنشطة في المحافظة وأضافوا أن أيوب منذ توليه المحافظة لم يدعو أعضاء مجلسي الشعب والشوري بالمحافظة، لمناقشة أسلوب تحقيق التنمية الاقتصادية والاجتماعية للمحافظة وتنفيذ الخطط والبرامج المتعلقة بهذا الشأن، وشدد المحامون علي أن أيوب منذ توليه مهام منصبه ازدادت حوادث الفتنة الطائفية والاعتداءات علي الأقباط، ولم يقم بإصدار تراخيص ترميم كنائس أو تجديدها داخل محافظة قنا، بل قام علي العكس بعرقلة القرارات الجمهورية الصادرة ببناء الكنائس الجديدة، ولفت المحامون إلي أنه في الوقت الذي تعرض له الأقباط في محافظته لمذبحة بشعة في ليلة عيد الميلاد المجيد يوم 6 يناير الجاري لم يقم بصرف تعويضات للضحايا أو المصابين أو المتضارين نتيجة عمليات السلب والنهب والحرق والتخريب التي لحقت بأموال وممتلكات الأقباط بالمحافظة في الوقت الذي قرر فيه أيوب صرف تعويض ومعاش استثنائي وسكن لأسرة المجند المسلم.. وأكد المحامون أن أيوب لم يقم بحفظ الأمن في المحافظة ومن ثم يكون قد فقد شرط الصلاحية في استمراره في مباشرة أعمال وظيفته طبقاً للمادة 4125 من القانون رقم 43 مباشرة 1975 بشأن نظام الإدارة المحلية وامتناع رئيس الجمهورية عن إقالته يعد قراراً سلبياً للمحكمة أن توقف تنفيذه تمهيداً لإلغائه أمام دائرة الموضوع.