بعد ثلاث سنوات قضاها داخل سجن طرة بسبب مواقفه السياسية وعضويته بجماعة الإخوان المسلمين خرج الدكتور محمد علي بشر أستاذ الهندسة وعضو مكتب الإرشاد تاركا صديقه المهندس خيرت الشاطر النائب الثاني لمرشد الجماعة السابق وخمسة من قيادات الجماعة يقضون باقي فترة العقوبة التي قررتها المحكمة العسكرية . ويعرف بشر بمواقفه الجريئة ومطالبته الدائمة للنظام الحاكم بتغيير نهجه في التعامل مع القوي الوطنية والإسلامية. وقد تعرض أستاذ الهندسة بجامعة المنوفية "59 عاما"للسجن بأحكام عسكرية مرتين كانت الأولي عام 1999 وعرفت بقضية النقابيين وحكم عليه أيضا ب3 سنوات سجناً وكانت التهمة في المرتين واحدة وهي الانتماء لجماعة الإخوان المسلمين. ورغم سنوات السجن وظلمة الزنزانة إلا أنه لا يتوقف عن مطالبة النظام بإعادة النظر في تعامله مع الإسلاميين الذين لا يرجون في خدمة وطنهم إلا مرضاة الله وهم قدموا لهذا البلد الكثير من خلال المؤسسات وعبر النقابات ومجلس الشعب فلا بد أن يعاد النظر في أسلوب تعامل لا يفيد أحداً إلا أعداءنا. الحكومة جربت كل الوسائل المختلفة التي تتعامل مع الإخوان المسلمين ومنها السجون والتضييق عليهم في محاولة لإلغائهم هذه الوسائل لا تغير ولا تحقق هذه الغاية وكل هذه المحاولات فشلت لأنه رشح بشر مرتين في انتخابات مجلس الشعب كان آخرها عام 1995 إلا أن الانتخابات حسمت لصالح الحزب الوطني ولم تنفذ الأحكام القضائية التي أثبتت حق بشر في دخول المجلس. دخل بشر مكتب الإرشاد العام في أواخر التسعينيات كما أتاحت له تعديلات اللائحة الداخلية للجماعة بالاحتفاظ بعضوية المكتب الحالي ليصبح بشر أول من تطبيق عليه مادة احتفاظ المعتقل أو السجين بموقعة التنظيمي. وقد عاني بشر تدهور حالته الصحية داخل السجن حيث يعاني الإصابة بفيرس سي ورغم تقديم عدد من المنظمات الحقوقية التقارير الصحية التي تفيد تدهور حالته فإنه لم يفرج عنه صحيا كما رفض القضاء الإداري الإفراج عنه بعد قضاء ثلاثة أرباع المدة .