حاولت الرئاسة توضيح اختيارها للدكتور هشام قنديل بالتشديد على أنه شخصية مؤهلة لشغل منصب رئيس حكومة، نظرًا لما لديه من خبرات في ملف المياه؛ كاشفة عن أن الرئيس لم يفكر في اختيار شخصية اقتصادية، وإنما كان الاختيار يقتصر فقط على أن يكون شخصية توافقية ومستقلة ومتخصصة في ملف مياه النيل، وذلك ردًا على الانتقادات التي واجهتها مؤسسة الرئاسة بسبب اختيار الدكتور هشام قنديل رئيسا للوزراء. وحول سبب التراجع عن تعيين شخصية اقتصادية في هذا المنصب، أكدت الرئاسة -وفقًا لموقع أخبار مصر- على أنهم لم يفكروا مطلقًا في تعيين شخصية اقتصادية لرئاسة الوزراء، وأن ما كان يتردد في هذا الصدد مجرد تخمينات صحفية ليس لها أي علاقة بالواقع. وأوضح ياسر علي المتحدث الرسمي باسم الرئاسة أن السبب الوحيد الذى ميز قنديل عن بقية المرشحين أنه يحمل أهم ملفات مصر، وله علاقة بالأمن القومي، وهو ماء النيل، كما أنه شخص كفء. وكشفت الرئاسة عن أن الرئيس كلف مجموعة من المتخصصين في هذا المجال لوضع دراسات، والتي كشفت عن أن قنديل هو أفضل الشخصيات في هذا الملف، وبحسب ما قاله الدكتور ياسر علي المتحدث باسم رئاسة الجمهورية؛ فإن الأسباب التي دفعت مرسي إلى اختيار الدكتور هشام قنديل رئيسا للوزراء يتمثل في كونه شخصية وطنية مستقلة تحظى بالقبول من جميع التيارات السياسية.