رفض البابا شنودة الثالث -بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية- طلب بعض أُسر ضحايا حادث ماسبيرو فتح تحقيق دولي في هذه الحادثة، مشيرا إلى أنه يقدّر مشاعرهم الحزينة التي دفعتهم للتفكير في هذا الأمر، لكنه لا يقبل على الكنيسة القبطية طلب هذا الأمر الذي لا يناسب ظروف مصر الحالية، وقد ينعكس سلبا على الوحدة الوطنية التي ندافع عنها جميعا. جاء ذلك خلال حفل التكريم الذي أقامه البابا شنودة مساء اليوم (الخميس) في الكاتدرائية المرقسية بالعاباسية لأُسر ضحايا ومصابي حادث ماسبيرو؛ حيث قام بتكريم كل شهيد، ومنح أسرته هدايا نقدية وعينية بحضور عدد كبير من كبار أساقفة الكنيسة القبطية. وبحسب وكالة أنباء الشرق الأوسط؛ أشار البابا إلى حزنه الشديد لوقوع الحادث، وشعوره بشعور الأسر المكلومة، ومساندته لهم في أي إجراءات قانونية طبيعية، موضّحا أنه أنشأ مكتبا في الكاتدرائية يتواجد به قانونيون يوميا لإرشاد الأسر إلى الطرق السليمة للمطالبة بحقوقهم. وأوضح أن المجلس العسكري طالب أيضا بأن مَن لديه أي شهادة حول هذه الواقعة أو لديه تسجيلات خاصة يتقدّم بها إلى النيابة العسكرية، مشيرا إلى أن تحقيقا موضوعيا ونزيها يجري في هذا الشأن، وأنه قد عرض على أعضاء المجلس العسكري رؤية الكنيسة للحادث وروايات وتسجيلات الشهود، وهو ما يعكس رغبة جادة في تحديد مسئولية كل طرف.