كشف تقرير بعثة الجامعة العربية لمراقبة الاستفتاء على تقرير مصير جنوب السودان عن وجود سلبيات في عملية الاقتراع، لكنها لم تؤثر على سلامة العملية التي تمت بشفافية ونزاهة وجاءت في اتساق مع المعايير الدولية. ودعا عمرو موسى الامين العام لجامعة الدول العربية، جميع الأطراف على التحلي بالحكمة والحرص على العلاقة الطيبة والتاريخية بين شطري السودان، معبرا عن احترام الجامعة لإرادة الشعب السوداني في جنوب السودان و حرصها على دعم الاستقرار والتنمية فيه والشمال. وكان الامين العام قد تلقى تقريرا من رئيس بعثة الجامعة لمراقبة عملية الاستفتاء على تقرير جنوب السودان السفير محمد الخمليشي الأمين العام المساعد، رصد الإيجابيات التي ميزت عملية الاستفتاء وأهمها فتح أغلبية مراكز الاقتراع في الوقت المحدد وتوفير جميع المواد اللوجيستية ومستلزمات الاقتراع ومطابقة الصناديق والعازل للمواصفات والمعايير المتعارف عليها دوليا. كما رصدت البعثة التواجد الجيد لأعضاء مراكز الاقتراع بتخصيص مهمة محددة لكل عضو في عملية الاقتراع والمشاركة الفعالة للعنصر النسائي في مراكز الاقتراع وتعاون رؤساء المراكز مع المقترعين والمراقبين. وأكدت البعثة في تقريرها أنه بالرغم من حسن تنظيم عملية الاستفتاء وسلاسة أدائها إلا أنها رصدت بعض السلبيات أهمها صغر سن بعض المقترعين، وتباين عدد المسجلين في بعض المراكز عن العدد المسجل في قوائم المفوضية ووجود مظاهر للدعاية داخل بعض مراكز الاقتراع من قبل بعض موظفي المراكز والمراقبين المحليين وغياب الرسوم التوضيحية التي ترشد المقترع بتفاصيل وخطوات عملية الاقتراع.