الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية من منصبه بقرار من رئيس الجمهورية. ويعيد ذلك إلي الأذهان قرار الرئيس الراحل أنور السادات الذي أمر بعزل البابا شنودة من منصبه وتحديد إقامته بأحد أديرة وادي النطرون، إثر اتهامه بالسعي إلي استقلال الكنيسة، وقام بتكليف لجنة لإدارة شئون الكنيسة، قبل أن يعيده الرئيس حسني مبارك إلي المنصب عام 1985. ووصف الجمل البابا شنودة بأنه "موظف عام يخضع لنظام الدولة ويتم تعيينه من قبل رئيس الجمهورية وبالتالي يمكن عزله"، معتبراً في اتصال هاتفي لبرنامج "الحياة اليوم" أن القرارات التي تصدر عن البابا هي قرارات إدارية تخضع لرقابة القضاء الإداري بمجلس الدولة". وتابع قائلاً: البابا موظف عام يؤدي واجبه الديني تحت نظام الدولة ويخضع للقانون، ومن يقول غير ذلك مخطئ، ووفقًا للقانون كل موظف عام يرتكب مخالفة دستورية أو قانونية أو يمتنع عن تنفيذ حكم قضائي نهائي يتعرض لعقوبة الحبس والعزل . وكان يعقب بذلك علي رفض البابا تنفيذ حكم المحكمة الإدارية العليا الذي يلزمه بمنح تصريح بالزواج الثاني للأقباط المطلقين، مؤكدًا أنه لا توجد قوة علي وجه الأرض تجبره علي تنفيذ الحكم الذي لا يجوز الطعن عليه، بدعوي أنه يتنافي مع الإنجيل، الذي لا يسمح بالزواج الثاني إلا في حالتي الزنا والوفاة. ويتذرع البابا شنودة برفض القرار بأنه صدر استنادا إلي لائحة 1938 التي ترفض الكنيسة الاعتراف بها، وعلق الجمل قائلاً: "البابا رفض تطبيق لائحة 38 المعمول بها، لأنه من وجهة نظره الخاصة رأي أنها وضعت بأيدي باكوات وباشوات وهذا رأيه الشخصي".