مازالت الخلافات تلقي بظلالها علي الجمعية التأسيسية للدستور، حيث شب خلافا بين أعضاء اللجنة وممثلى لجنة نظام الحكم حول مواد السلطة القضائية، وأحالت "الصياغة" إلى لجنة سداسية مشتركة من لجنتي الصياغة ونظام الحكم بدلا عن إحالتها إلى نظام الحكم كلجنة مختصة وهو ما رفضه أعضاء اللجنة بدورهم. ووقعت المشكلة بعد مطالبة بعض الأصوات داخل "الصياغة" والمستشار حسام الغريانى رئيس الجمعية بعودة نصوص القضاء العسكري والهيئات القضائية (النيابة الادارية وهيئة قضايا الدولة) التى جرى عليها استحداث، كما هى فى دستور 1971 مع استبعاد محاكم أمن الدولة والمجلس الأعلى للهيئات القضائية، وهو أثار أعضاء نظام الحكم معللين ذلك بأنهم أقروا تلك النصوص عبر تصويت داخل "نظام الحكم" ولا يجوز للصياغة التدخل فى أعمال اللجان. وقال صلاح عبد المعبود عضو الجمعية التأسيسية، إن ما يحدث من لجنه "الصياغة" يعد تغولاً على أعمال اللجان النوعية، مشيراً إلى أنه قد يكون بهدف تحقيق المصلحة العامة من وجه نظرهم، موضحاً بأن أعضاء اللجنة مستاءون من أعمال " لجنة الصياغة" خلال الجلسات العامة. ومن جانبه أكد د.محمد محيى الدين مقرر لجنة الدفاع و الأمن القومي في التأسيسية، إن لجنة الصياغة انتهت من القراءة الأولى لمواد رئيس الجمهورية والحكومة، وبدأت في القراءة الثانية التي تتعلق بشروط الترشيح والمقترح هو حصول المرشح أيا كان انتماؤه حزبياً أم مستقلاً على عشرين ألف توقيع من عشر محافظات بحد أدنى ألف توقيع من المحافظة الواحدة ، أو الحصول علي توقيع عشرين من أعضاء مجلسي النواب والشيوخ .