دعا المجلس القومي لحقوق الإنسان، إلي إعلاء سيادة القانون، وعدم المساس بهيبة الدولة، بإتخاذ كافة الإجراءات الرادعة ضد كل من يحرض علي التمييز بين أبناء الوطن الواحد، مشدداً على أهمية التصدي لكل مظاهر العنف القائم على أسباب دينية أو غيرها من أسباب التفرقة، منتقدًا تطبيق مجالس عرفية تتنافي مع القوانين وتفرق بين أبناء الوطن الواحد . وأستنكرت اللجنة الدولية بالمجلس القومى لحقوق الإنسان عن أنزعاجها من الممارسات التي يفعلها السلفيين بحق الأقباط، وإدان المجلس لكافة الممارسات التي تنطوي على تفرقة بين المصريين على أساس الدين والإعتداء على دور العبادة وتطبيق عقوبات منافية للقانون على مواطنين أبرياء .