يعرض متحف الآثار بمكتبة الإسكندرية مجموعة أثرية جديدة، مكتشفة بجزيرة نلسون بأبى قير بالإسكندرية بواسطة البعثة الإيطالية. حيث ترجع المجموعة إلى العصرين الفرعونى والبطلمى، ويبلغ عددها حوالى مائتى قطعة من الفخار والفيانس ومواد مختلفة، وتوضح المجموعة الحياة اليومية فى الإسكندرية فى هذا الوقت، إلى جانب عرضها بالمتحف بأسلوب متميز من أساليب العرض المتحفى الحديث. وقد عرض متحف الآثار بمكتبة الإسكندرية فى وقت سابق مجموعة من الآثار الغارقة التى اكتشفت فى الميناءين الشرقى والغربى فى الإسكندرية وترجع هذه الآثار إلى عصور تاريخية متفاوتة، وقد عرضت من قبل فى متاحف كبرى فى فرنسا وألمانيا وإسبانيا وإيطاليا واليابان وتُعرض حاليًا فى الولاياتالمتحدةالأمريكية. ويتبع المتحف نهجًا جديدًا فى عرض هذه المجموعة، يتضمن إطلاع الزوار على القطع، إضافة إلى مشاهدة فيلم وثائقى عن قصة اكتشافها فى الماء، كما يوضح عمليات نقلها وترميمها، ثم عرضها فى قاعات متاحف دولية. ويتضمن متحف الآثار بمكتبة الإسكندرية ثمانية قاعات تغطى تاريخ مصر، هى: قاعة الآثار المصرية، والآثار اليونانية الرومانية، والآثار البيزنطية، والآثار الإسلامية، وقاعتى "الحياة فى العالم الآخر" و"آثار موقع المكتبة"، بالإضافة إلى ملحق المتحف المسمى "كنوز مصر عبر العصور" وأخيرًا قاعة حفائر جزيرة نلسون.