يستعد متحف الآثار بمكتبة الإسكندرية لعرض مجموعة أثرية جديدة، ترجع إلى العصرين الفرعوني والبطلمي، وهى المجموعة المكتشفة بجزيرة نلسون ب " أبو قير " بالإسكندرية بواسطة البعثة الإيطالية. ويبلغ عدد القطع الأثرية حوالي مائتي قطعة من الفخار والفيانس ومواد مختلفة وتوضح المجموعة الحياة اليومية في الإسكندرية في هذا الوقت، إلى جانب عرضها بالمتحف بأسلوب متميز من أساليب العرض المتحفي الحديث. كان متحف الآثار بمكتبة الإسكندرية قد عرض في وقت سابق مجموعة من الآثار الغارقة التي اكتشفت في الميناءين الشرقي والغربي في الإسكندرية ؛ وترجع هذه الآثار إلى عصور تاريخية متفاوتة وقد عرضت من قبل في متاحف كبرى في فرنسا وألمانيا وإسبانيا وإيطاليا واليابان وتُعرض حاليًا في الولاياتالمتحدةالأمريكية. ويتبع المتحف نهجًا جديدًا في عرض هذه المجموعة، يتضمن إطلاع الزوار على القطع، إضافة إلى مشاهدة فيلم وثائقي عن قصة اكتشافها في الماء، كما يوضح عمليات نقلها وترميمها، ثم عرضها في قاعات متاحف دولية. ويتضمن متحف الآثار بمكتبة الإسكندرية ثمانية قاعات تغطي تاريخ مصر، هي: قاعة الآثار المصرية، والآثار اليونانية الرومانية، والآثار البيزنطية، والآثار الإسلامية، وقاعتي "الحياة في العالم الآخر" و"آثار موقع المكتبة"، بالإضافة إلى ملحق المتحف المسمى "كنوز مصر عبر العصور" وأخيرًا قاعة حفائر جزيرة نلسون