قرر المستشار حسن سمير، مستشار التحقيق المنتدب من محكمة استئناف القاهرة، للتحقيق فى وقائع اقتحام السجون المصرية إبان ثورة 25 يناير 2011، والمعروفة إعلاميا بقضية اقتحام سجن وادى النطرون، تجديد حبس الرئيس السابق محمد مرسى لمدة 30 يوماً احتياطياً على ذمة التحقيقات التى تجرى معه بهذا الشأن. وكان المستشار سمير قد انتقل إلى سجن برج العرب، وقام بالنظر فى أمر تجديد حبس مرسى بحضوره وإثبات حضور اثنين من المحامين للدفاع عنه، فيما رفض مرسى حضور محام موكل عنه قائلا، "إنه مازال رئيسا شرعيا للبلاد وفقا لدستور 2012 المعطل". وكما كان المستشار حسن سمير قد انتقل إلى سجن طرة، وقام بتجديد حبس القيادى الإخوانى سعد الحسينى لمدة 15 يوماً احتياطياً على ذمة التحقيقات التى تجرى معه فى ذات القضية. وانتقل قاضى التحقيق أيضا إلى سجن برج العرب، وقام بحبس القياديين الإخوانيين صبحى صالح وحمدى حسن لمدة 15 يوما احتياطيا على ذمة التحقيقات فى تلك القضية، على أن يبدأ تنفيذ قرار حبسهما الاحتياطى عقب انتهاء فترة حبسهما احتياطيا على ذمة قضايا أخرى محبوسين على ذمتها. وقرر قاضى التحقيق أيضا تجديد حبس المتهمين الإخوانيين محيى حامد وعبد المنعم توغيان لمدة 30 يوما احتياطيا على ذمة التحقيقات فى تلك القضية، حيث كان قد تم عرضهما عليه للنظر فى تجديد حبسهما فى ذات القضية بداخل محكمة القاهرة الجديدة. ويواجه المتهمون فى تلك القضية عددا من الاتهامات، من بينها الاشتراك مع آخرين بطريق الاتفاق والتنسيق والمساعدة مع جهات أجنبية (حركة حماس) إبان ثورة 25 يناير، وارتكاب ما أسفر عنه الاتفاق من نتائج، من أبرزها القتل والشروع فى القتل والحريق العمد وإتلاف سجلات السجون ومقاومة القوات الشرطية وغيرها من الاتهامات. وكان المستشار حسن سمير قد سبق وأن أحال جزءا من تلك القضية، والمتعلقة باتهام الرئيس المعزول محمد مرسى وآخرين بالتخابر، إلى نيابة أمن الدولة العليا لمباشرة التحقيق فى تلك الوقائع باعتبارها جهة التحقيق المختصة. وتتضمن الاتهامات المنسوبة إلى مرسى وعدد من قيادات الإخوان الاتفاق والتحريض والمساعدة على الهجوم على المنشآت الشرطية والضباط والجنود واقتحام السجون المصرية وتخريب مبانيها ووضع النيران عمدا فى سجن وادى النطرون وتمكين السجناء من الهرب، وهروبه شخصيا من السجن، وإتلاف الدفاتر والسجلات الخاصة بالسجون، واقتحام أقسام الشرطة وتخريب المبانى العامة والأملاك فى زمن هياج وفتنة، وقتل بعض السجناء والضباط والجنود عمدا مع سبق الإصرار، واختطاف بعض الضباط والجنود.