وجه المستشار محمد شيرين فهمى، رئيس محكمة جنايات القاهرة، تحذيرًا شديد اللهجة إلى المتهم"محمد ربيع الظواهرى" شقيق أيمن الظواهرى زعيم تنظيم القاعدة، بسبب قيامه بالطرق على القفص الزجاجى بقاعة المحكمة بمعهد أمناء الشرطة، أثناء سماع المرافعات، مُنبهًا إياه على الالتزام خلال الجلسة وعدم الاستمرار بالطرق على القفص، وإلا فستأمر المحكمة باستبعاده من الجلسة، تطبيقًا للقانون، وهو الأمر الذى امتثل له المتهم فى النهاية. فى سياق متصل شدد القاضى على المحامى"منتصر الزيات" عضو فريق الدفاع عن المتهمين، بعدم الاسترسال والإتيان بوقائع تاريخية فى مرافعته، على أن يكون حديثه فى غمار المرافعة مُقتصرًا على وقائع الدعوى فقط. وكشفت تحقيقات النيابة العامة أن المتهمين من «العناصر الإرهابية» شديدة الخطورة، وقاموا بإنشاء وإدارة تنظيم إرهابي يهدف إلى تكفير سلطات الدولة ومواجهتها باستخدام السلاح، لتغيير نظام الحكم بالقوة، والاعتداء على ضباط وأفراد ومنشآت القوات المسلحة والشرطة، واستهداف الأقباط ودور عبادتهم واستحلال أموالهم، وارتكاب أعمال إرهابية بهدف نشر الفوضى في البلاد وتعريض أمن المجتمع للخطر.