يبداالتحويل بين الكليات والمعاهد لتقليل الاغتراب بين الكليات المتناظرة وغير المتناظرة بعد انتهاء المرحلة الثانية وفقا للشروط التى حددها المجلس الأعلى للجامعات. ويسمح للطلاب بالتحويل بين الكليات المناظرة وغير المناظرة وطبقا للإمكانيات الاستيعابية للكليات وفى حدود 10% من الأماكن المقررة لكل كلية.بالنسبة لطلاب الثانوية العامة المصرية غير مناظرة للطالب الذي تم ترشيحه في عملية التنسيق في كلية ما خارج أو داخل منطقته الجغرافية (أ) وبشرط حصوله على الحد الأدنى لمجموع الدرجات الذي قبلته الكلية المطلوب التحويل إليها وبشرط استيفاء باقي قواعد القبول بالكلية مثل النجاح في اختبارات القدرات إن وجدت ومثل الكليات التي تقبل الشهادات الفنية. ومثال لذلك طالب قبل بكلية الهندسة جامعة أسيوط ومنطقته الجغرافية (أ) هي محافظة الغربية يمكنه التقدم للتحويل إلى كلية غير كلية الهندسة مثل العلومرياضة والآداب والتجارة في جامعة طنطا حيث تقع جامعة طنطا في النطاق الجغرافي (أ).وبالنسبة لطلاب الشهادات الثانوية المعادلة العربية والأجنبية يسمح بالتحويل إلى كلية غير مناظرة للطالب الذي تم ترشيحه في عملية التنسيق في كلية ما خارج أو داخل منطقته الجغرافية (أ) وبشرط حصوله على الحد الأدنى لمجموع الدرجات الذي قبلته الكلية المطلوب التحويل إليها وبشرط وجود مكان خالي بالقطاع الذى يرغب فى التحويل لأحد كلياته ضمن الأماكن المقررة لكل شهادة على حده وبشرط استيفاء باقي قواعد القبول بالكلية مثل النجاح في اختبارات القدرات إن وجدت. ومثال لذلك طالب قبل بكلية الهندسة جامعة أسيوط ومنطقته الجغرافية (أ) هي محافظة الغربية يمكنه التقدم للتحويل إلى كلية غير كلية الهندسة مثل العلوم و الآداب والتجارة في جامعة طنطا حيث تقع جامعة طنطا في النطاق الجغرافي (أ) وبشرط وجود مكان خال فى القطاع المراد التحويل اليه مثل العلوم والآداب و التجارة .و يسمح للطالب الذي تم ترشيحه في عملية التنسيق في كلية ما خارج منطقته الجغرافية (أ) بالتقدم للتحويل إلى كلية مناظرة في منطقته الجغرافية (أ) فقط وبغض النظر عن الحد الأدنى لمجموع الدرجات الذي قبلته الكلية المطلوب التحويل إليها ومثال لذلك طالب قبل بكلية الهندسة جامعة أسيوط وهو من محافظة الغربية يمكنه التقدم للتحويل إلى كلية الهندسة جامعة طنطا حيث تقع جامعة طنطا في النطاق الجغرافي (أ) طبقا للأعداد والطاقة الاستيعابية للكليات وترتيب الطالب بين الطلاب الراغبين للتحويل وفى حدود 10% من الأعداد المقررة لشهادة الثانوية العامة أو الفنية أو المعادلة الأجنبية أو العربية والطاقة الاستيعابية للكلية المطلوب التحويل إليها.وفي حالة وجود أكثر من كلية مناظرة في النطاق الجغرافي (أ) يسمح للطالب الذي رشح لكلية ما خارج النطاق الجغرافي (أ) بالتحويل للكلية المناظرة ذات الحد الأدنى الأقل في منطقته الجغرافية (أ) ومثال لذلك في القاهرة الكبرى أربعة كليات للهندسة والحد الأدنى للقبول بها مثلا في الشهادة العربية من الكويت 392 و 391 و 390 و 387 درجة يسمح فقط بالتحويل المناظر للكلية الأقل في الحد الأدنى (387 درجة) طبقا للأعداد والطاقة الاستيعابية للكلية وترتيب الطالب بين الطلاب الراغبين للتحويل وفى حدود 10% من الأعداد المقررة لكل شهادة (الثانوية العامة أو الفنية أو المعادلة الأجنبية أو العربية) والطاقة الاستيعابية للكلية المطلوب التحويل إليها.ويكون التحويل من وإلى الكليات الفريدة في القطاعات المختلفة وتشمل في القطاع الهندسي كلية هندسة البترول والتعدين بالسويس و كلية الهندسة الالكترونية بمنوف و كلية هندسة الطاقة بأسوان و كلية التخطيط العمراني بالقاهرة ، وتشمل في القطاع الطبي كلية طب الإسماعيلية يكون بنظام التحويل غير المناظر فقط وبشرط استيفاء الحد الأدنى للكلية المراد التحويل منها أو إليها.
